[DB소개] Cancer Cell Line Encyclopedia (CCLE)

Cell line이란  간단하게 우리몸의 세포를 일부 떼어내어 조직을 길러낸 것을 말합니다.

 

이러한 Cell line을 만드는 이유는 어떠한 질병에 대해 연구를 할때 사람을 대상으로 연구가 이루어 질때 많은 어려움들이 있습니다.

 

예를들어 세포에 자극을 주고 반응을 본다던지, 혹은 일정경과를 지낸 후에 세포가 어떻게 변화하는지에 대해서 알고싶은 경우가 있습니다.

 

 이럴때 실제 사람으로 하게되면 윤리적으로 문제가 발생이 됩니다.

 

또한 어떠한 특이한 질병을 갖는 환자들에 대해서도 실제 실험을 하게되면 환자의 목숨을 위협할 수가 있고, 또한 소중한 연구데이터가 사라질 수도 있습니다. (사람 목숨을 연구재료로만 생각하는 뜻이 아닙니다.)

 

 이러한 단점들을 해결하고자 연구자들은 환자들의 환부에 있는 세포를 떼어내어 배양하게 되었고, 그 결과 Cell line이 만들어지게 되었습니다.

 

 이론적으로 같은 이름을 갖는 Cell line은 같은 변이들을 갖습니다. (최근 같은 Cell line이라도 변이가 다를수도 있다 라는 논문이 나오기는 했습니다만 많은 연구가 이루어진후 확인해봐야겠습니다.) 그리고 많은 사람들이 연구를 하고 있는 Cancer관련 Cell line이 가장 많습니다.

 

이번에 소개드릴 DB 또한 이 Cancer Cell line에 대한 Database입니다.

 

 CCLE는 Broad Institute와 노바티스라는 제약회사와 콜라보로 연구가 이루어졌고, 여러가지 데이터를 얻을 수 있습니다.

(CNV, mRNA Methylation, RPPA, mRNA, etc..)

 

 

 

데이터라는 메뉴로 가시려면 로그인이 필요합니다. 로그인하려면 이것저것 데이터의 권리는 어디에 있다 뭐시기~ 등을 확인하고  가입을 하시면 됩니다. (가입하기가 쉽습니다.)

 

가입을 하고 보시면 다음과 같이 데이터를 확인할 수가 있습니다.

 

 

데이터 종류를 보면 생각보다 다양한 데이터를 우리가 다룰수가 있습니다.

 

약물반응도 확인할 수가 있고, RNA, Methylation, miRNA 등을 확인이 가능합니다.

 

이들을 이용하여 Deep learning, machine learning관련 연습을 해도 충분할것 같습니다.

 

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2019년이후로 업데이트가 안되고 있는데, 아마 Depmap portal이라는 곳에 가시면 업데이트된 데이터를 확인할수가 있습니다.