기본적인프로그래밍/R18 [R] R package error 해결 방법 중 하나 Single cell 분석에서 아주 화가나는 error가 발생했었습니다. jointlevel_fft_twosided.cpp:10:10: fatal error: fftw3.h: No such file or directory #include ^~~~~~~~~ compilation terminated. /home/user/anaconda3/lib/R/etc/Makeconf:181: recipe for target 'jointlevel_fft_twosided.o' failed make: *** [jointlevel_fft_twosided.o] Error 1 ERROR: compilation failed for package ‘qqconf’ * removing ‘/home/user/R/x86_64-conda-li.. 2022. 3. 22. [R] RColorBrewer 이용해서 색감을 확인해보자. (feat. pheatmap) 논문이나 보고서를 쓸때 heatmap을 그릴 때가 있습니다. 그럴때마다 항상 고민인 것은 Annotation color를 지정하는것입니다. 이번 포스팅은 RColorBrewer를 이용해서 쉽게 색감들의 이름을 확인해보고자 합니다. 먼저 연습 데이터로 Annotation color를 사용하는 heatmap을 그려보겠습니다. 연습데이터는 ggplot2에 있는 diamonds 데이터를 이용하겠습니다. library(ggplot2) library(pheatmap) data(diamonds) diamonds 2021. 12. 21. [R] bool로 받기 (na인지 아닌지, 대소문자인지 아닌지 확인) for문을 돌리다 보면 if문을 써야 할 때가 있고 다양하게 조건을 걸어야하는 경우가 생깁니다. 조건을 숫자로 이용할때도 있고, 혹은 NA인지, Null인지 아닌지를 확인하는 경우도 생깁니다. 그러는 경우는 is.(조건)만으로 대부분 확인이 가능합니다. is.array(x) is.numeric(x) is.character(x) is.factor(x) is.finite(x) is.interger(x) is.list(x) is.matrix(x) is.null(x) is.na(x) etc... is.상태 를 이용하면 bool로 받을 수가 있다. 최근에 UCSC에서 유전자 sequence 를 얻어서 분석하게 되었는데, 여기서 필요한 것이 대문자이냐? 소문자이냐? 라는 것을 알아야 했습니다. (UCSC에서는 Ex.. 2021. 10. 19. [R] heatmap에 있는 원하는 그룹 가져오기 저번 heatmap관련 포스팅에서 들어온 질문이 원하는 그룹을 가져오고 싶다 라는 질문이 있었습니다. 간단하게 원하는 그룹을 가져오는 방법에 대해서 설명하도록 하겠습니다. TCGA - CESC의 데이터를 분석하도록 하겠습니다. 저번과 같이 상위 몇개만을 일단 가져오겠습니다. CESC 2021. 4. 9. [R] /usr/bin/ld: cannot find -lgfortran error 해결하기 우분투에서 R package를 설치하다가 가끔 짜증나는 에러가 있습니다. /usr/bin/ld: cannot find -lgfortran 이것저것 찾아 보았는데, 예를들어 다음과 같습니다. R development 를 다시 설치하라던지 sudo apt install r-base-dev R package를 다시 설치하라던지 sudo apt install r-cran-rcppeigen 다음과 같은 에러 발생시에는 /usr/bin/ld: cannot find -lgfortran /usr/bin/ld: cannot find -lquadmath 다음과 같이 link하라던지 sudo ln -s /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgfortran.so.3 /usr/lib/libgfortran.so s.. 2021. 3. 30. [R] ggplot 산점도 만들 때 순서 정하기. 데이터분석시에 산점도를 그릴때, 한번씩 겪는 문제가 있습니다. 데이터가 너무 모여있는 문제입니다.. 내가 표현하고 싶은 점은 미리 찍혀서 다른 데이터들에게 묻히는 경우가 허다합니다. 이럴땐 어떻게 해야할까요? 이럴 경우 다음과 같은 해결책이 있습니다. 1. alpha를 사용 geom_points를 이용하여 점의 희미도를 증가시킵니다. ggplot(data=mat)+ geom_points(aes(x=x,y=y=col=type),alpha=0.5) 2. geom_points 순서 (점찍는 순서 변경) geom_points의 순서를 다르게 표현하면 됩니다. 먼저 전체 geom_points를 넣고, 다음 subset geom_points를 추가해주면 됩니다. ggplot(data=mat)+ geom_point(.. 2021. 3. 10. 이전 1 2 3 다음
