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ggplot6

[ggplot2] barplot에서 갭 제거하기 (빈공간제거, 0부터 시작) 1. 서론 ggplot2를 이용하다가 가끔 원하는 그림이 나오지 않을때가 있습니다. 예를들어 barplot을 그리는데 있어서 자동으로 0 밑으로 마진이 생기는 경우가 그럴것입니다. 위 plot을 어떻게 해야 0 밑에를 제거하는지 그리고 좀더 나은 기능들이 무엇이 있는지 정리하고자 합니다. 2. 본론 일단 예시 데이터로 diamonds데이터를 이용하도록 하겠습니다. 아래와 같이 진행하게 되면 0 아래의 마진이 없어짐니다. ( y축도 동일하게 적용이 됩니다.) library(ggplot2) data(diamonds) ggplot(diamonds,aes(cut))+geom_bar()+ scale_y_continuous(limits = c(0,25000),expand=expansion(0,0)) # expand.. 2023. 5. 18.
[R] ggplot 산점도 만들 때 순서 정하기. 데이터분석시에 산점도를 그릴때, 한번씩 겪는 문제가 있습니다. 데이터가 너무 모여있는 문제입니다.. 내가 표현하고 싶은 점은 미리 찍혀서 다른 데이터들에게 묻히는 경우가 허다합니다. 이럴땐 어떻게 해야할까요? 이럴 경우 다음과 같은 해결책이 있습니다. 1. alpha를 사용 geom_points를 이용하여 점의 희미도를 증가시킵니다. ggplot(data=mat)+ geom_points(aes(x=x,y=y=col=type),alpha=0.5) 2. geom_points 순서 (점찍는 순서 변경) geom_points의 순서를 다르게 표현하면 됩니다. 먼저 전체 geom_points를 넣고, 다음 subset geom_points를 추가해주면 됩니다. ggplot(data=mat)+ geom_point(.. 2021. 3. 10.
[R] Plot에 expression을 이용하여 특수기호 추가하기! 논문을 이용할때 가끔 log10, 10^2, 10^3 등과 같은 특수한 지수를 추가하려는 때가 있습니다. log10의 경우 log만 이용하면 대부분의 사람들이 알수있겠지만 숫자가 다를 경우는 필수로 넣어줘야 하겠죠. 그럴때 사용하는 것이 expression입니다. R에서 lim표현, 혹은 log 지수표현, 시그마와 같은 수식표현을 할때 사용하며 다음과 같이 코드를 이용하여 진행할 수가 있습니다. plot(NA,xlim=c(0,10),ylim=c(0,10),axes = F,xaxt='n',xlab='',ylab = '') text(1,0,'x value = 1',font=2,cex=2) text(1,1,expression(log[10])) text(1,2,expression(10[2])) text(1,3,.. 2020. 11. 25.
[R] 변이 위치 표시해보기! 아주 오랜만에 포스팅을 하네요 ㅎㅎ 샤이니 공부하면서 새로 배운 것들 정리하러 왔습니다. GWAS를 분석할때나 혹은 변이를 분석하고 논문을 낼 때 참고용 그림으로서 변이의 위치가 유전자 어디에 있는지에 대한 그림을 넣는 경우가 있습니다. 예전 GWAS분석 후 논문 제출 때에도 비슷한 그림을 그려서 낸적이 있기 때문에 약간의 필요성이 있을 것이라 생각하고 포스팅합니다. 물론!! R package에서 더 이쁘게 그려주는 tool이 있을 수 있지만 좀더 커스텀이 가능한게 장점이죠 ㅎㅎ Lolipop plot R 기본 plot으로도 변이 그래프를 그릴 수가 있습니다. 먼저 유전자들 전체의 시작과 끝들을 알아야 합니다. 이러한 정보들은 UCSC table browser를 통해 얻을 수 있습니다. 예시로 다음과 같.. 2020. 9. 14.
[R] ggplot2 - Scatter plot 오늘은 ggplot에서 중요한 부분만 골라서 설명드리도록 하겠습니다. scatter plot기준으로 설명드리는 것이니 추후에는 다른 plot에 대해서도 포스팅하도록하겠습니다. 먼저 plot을 그리기 전에 데이터를 확인해보겠습니다. summary(diamonds) str(diamonds) View(diamonds) > summary(diamonds) carat cut color clarity depth table price x Min. :0.2000 Fair : 1610 D: 6775 SI1 :13065 Min. :43.00 Min. :43.00 Min. : 326 Min. : 0.000 1st Qu.:0.4000 Good : 4906 E: 9797 VS2 :12258 1st Qu.:61.00 1st Qu.. 2020. 7. 22.
[R] ggplot2 package 기초 (qplot, ggplot) 오늘은 ggplot2의 기초에 대해서 포스팅 해보도록 하겠습니다. ggplot2은 R에서 아주 중요한 plot만드는 tool입니다. ggplot2에는 plot을 그리기 위한 방법이 ggplot(), qplot() 이렇게 두가지가 있습니다. qplot의 경우 대략적으로 그릴때 사용하고, ggplot의 경우는 세세한 컨트롤이 필요할때 사용합니다. 주로 논문을 쓰거나 할때는 ggplot을 이용합니다. 실제로 한번 차이를 비교해 봅시다. 1. ggplot, qplot의 차이점 library(ggplot2) data(iris) head(iris) > head(iris) Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species 1 5.1 3.5 1.4 0.2 setos.. 2020. 7. 20.

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