실용적인프로그래밍24 [ggplot2] barplot에서 갭 제거하기 (빈공간제거, 0부터 시작) 1. 서론 ggplot2를 이용하다가 가끔 원하는 그림이 나오지 않을때가 있습니다. 예를들어 barplot을 그리는데 있어서 자동으로 0 밑으로 마진이 생기는 경우가 그럴것입니다. 위 plot을 어떻게 해야 0 밑에를 제거하는지 그리고 좀더 나은 기능들이 무엇이 있는지 정리하고자 합니다. 2. 본론 일단 예시 데이터로 diamonds데이터를 이용하도록 하겠습니다. 아래와 같이 진행하게 되면 0 아래의 마진이 없어짐니다. ( y축도 동일하게 적용이 됩니다.) library(ggplot2) data(diamonds) ggplot(diamonds,aes(cut))+geom_bar()+ scale_y_continuous(limits = c(0,25000),expand=expansion(0,0)) # expand.. 2023. 5. 18. [ggplot] 여러 개의 그래프를 하나로 합치는 방법 1. Intro 그래프를 그리다 보면, 한번에 표현시켜야 할 일이 생깁니다(특히 논문에 그림 그리실 분들 혹은 보고서 작성시). 다양한 그룹에서 같은 분석결과를 비교할때, 혹은 하나의 그룹에서 분석하고 결과들을 나열하고 싶을 때, 등등 다양한 이유로 한번에 표현하고 싶어합니다. 그래서 이번 포스팅에서는 많이 이용하는 ggplot에서 나온 그래프를 하나의 그림으로 합쳐주는 패키지를 소개해볼까 합니다. 저번 포스팅에서 pair plot을 그리면서 사용한 grid.arrange 이외에도 다른 패키지도 소개하도록 하겠습니다. https://mopipe.tistory.com/46 [R] ggplot - pair plot 그려보기 (ggplot 기초, gridExtra, ggfittext) 분석에서 사용되는 plo.. 2022. 4. 7. [MS,protein] 단백질양 imputation 방법소개 1. 서론 단백질은 표현형에 직접적인 관여를 하기 때문에 중요합니다. 그러나 단백질을 정확하게 측정하기 위해서는 많은 요인들 때문에 힘듬니다. 예를 들어 post translational modification (전사후 수정과정)으로 인해서 단백질들이 변화 할수도 있고, 단백질의 특성상 반감기가 짧은 단백질이라던지 등 많은 요인들이 있습니다. 위 같은 요인은 둘째치더라도 조직들의 단백질 양을 이용한 분석을 통해 질병군과 대조군 사이 마커를 찾는다던지 Differential Expression Gene (DEG)가 실제로 단백질양에서도 변화를 일으키는지 등을 보기 위한 연구가 많이 이루어지고 있습니다. 뭐 단순하게 발현이 됬다 안됬다를 보기 위해서는 western blot을 이용하면 되지만 RNA 양을 비.. 2021. 12. 2. [R] scRepertoire에서 오류 해결 방법 scRepertoire라는 single cell 분석 툴이 있습니다. 여기서 conbineTCR이라는 기능이 있는데 가끔 버전마다 에러가 생기는 경우가 발생합니다. 예를들어 다음과 같은 에러가 뜨는 경우가 있습니다. Error in `$ 2021. 11. 12. [R] msa package 설치 에러 해결! (gcc) msa package는 Multiple sequence Alignment를 해주는 R package입니다. https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/ Clustal Omega < Multiple Sequence Alignment < EMBL-EBI Clustal Omega is a new multiple sequence alignment program that uses seeded guide trees and HMM profile-profile techniques to generate alignments between three or more sequences. For the alignment of two sequences please instead use our pair.. 2021. 8. 23. [R error] the given url does not appear to be a valid cran repository R studio에서 package download하는 곳을 변경하는데 아래와 같이 에러가 발생한다면, 'the given url does not appear to be a valid cran repository' 해결할 수 있는 방법은 다음과 같습니다. getOption("download.file.method") getOption("download.file.extra") 위와같이 ternimal에 쳤을때, 둘 다 NULL이 나온 경우 options( download.file.method = "curl", download.file.extra = "-L -f" # follow redirects; fail on error ) 위와 같이 쳐주면 됩니다. 2021. 5. 13. 이전 1 2 3 4 다음
