약물3 [약물] ECFP fingerprints 간단한 정리 약물의 fingerprint 중에 topological fingerprint는 약물의 유사도나 substructure 를 검색하기 위하여 개발이 되었습니다. 그중에서 많이 사용하는 방법중 하나가 바로 ECFP입니다. 약물의 유사도의 경우 설명을 하지 않아도 우리가 비슷한 약물이 비슷한 짓을 할것이다 라고 생각하기 때문에 유사성을 보려는 시도를 예전부터 많이 하였습니다. ECFP는 2010년에 Rogers, David, and Mathew Hahn. "Extended-connectivity fingerprints." Journal of chemical information and modeling 50.5 (2010): 742-754. 라는 논문에서 처음 나왔습니다. 논문에서 나온 ECFP 만드는 과정은 다.. 2021. 3. 24. [약물] 약물의 유사도 확인하기, ECFP 실습, R package이용 이전에 포스팅하였던 내용인 약물의 ECFP를 계산하고 tanimoto coefficient 유사도를 찾는 실습을 해보고자 합니다. R을 이용한 분석이고 추후에 python에 대한 분석도 올릴 예정입니다. 패키지로는 Rcpi, rcdk package를 이용하겠습니다. 최근 ChemmineR package가 나오긴 했지만, 주로 많이 사용하는 package를 사용하도록 하겠습니다. (ChemmineR에는 ECFP 계산하는게 없는것 같네요..) 참고로 rcdk는 install.packages 를 이용하면되고, Rcpi의 경우 Bioconductor를 이용(BiocManager::install)해서 설치를 해야합니다. 그리고 주의점은 rcdk, Rcpi의 경우 뭔가 설치하는데 예민한것 같습니다.(설치가 쉽지가 .. 2020. 12. 10. 약물연구관련 사이트 첫 포스팅에서는 약물 연구에사용되는 데이터베이스들을 소개하려고합니다. 우리 정보학하는 사람들이 중요해진 이유는 최근 10~20년동안 사람들이 데이터생성만 미친듯이 해서 데이터들이 많이 쌓이게 되죠. (앞으로도 쌓일겁니다.) 그래서 이러한 데이터들을 효율적으로 정리하고, 새로운 결과를 내는 것이 중요하게 되었기 때문입니다. 저는 정보학하는 사람들을 하이에나 라고 생각합니다. 하이에나 하면 비열하고 더럽다. 라는 인식이 강하겠지만 여기저기 다니면서 부패한 고기들을 정리하는 역활을 하기 때문에 생태계순환에 비중있는 역활을 하게됩니다. 부패한 고기처리에 어느정도 일조하는거죠. 앞으로도 정보학하는 사람들을 필요하게 될 것이고, 회사에 한사람 정도는 필수적으로 있어야할 직업일 것 같습니다. (회사에 모아둔 자료정리.. 2020. 8. 6. 이전 1 다음
