유전체2 [유전체] samtools, bedtools 이용해서 특정 부분 mapping된 fastq만들기 우선 먼저 mapping된 read만을 가져오기 위해서 아래 포스팅을 참조하세요~! https://mopipe.tistory.com/150 [유전체] samtools이용해서 mapped read만 가져오기 가장 먼저 fastq에서 alignment를 시켜줍니다. (bowtie2, bwa 등 이용해서 알아서) 그리고 sam file을 bam file로 변경시킴 (반대로 bam파일을 sam파일로 변경가능) # sam to bam samtools view -Sb [input.sam] >.. mopipe.tistory.com Target region은 chr6번을 이용하여 분석을 해보겠습니다. bwa-0.7.17 mem chr6.fa.gz SRR794684_R1.fastq.gz SRR794684_R2.fastq.. 2021. 10. 26. [유전체] samtools 오류 해결! SEQ and QUAL are of different length samtools를 이용하여 bam 파일을 만들다 보면은 가끔 다음과 같은 에러가 발생할 수가 있습니다. # 실행 명령어 samtools view -Sb input.sam > output.bam # 뜨는 에러 [E::sam_parse1] SEQ and QUAL are of different length [W::sam_read1] Parse error at line 5387631 [main_samview] truncated file. 이럴때는 fastq에서 sam파일을 다시 돌려보시면 해결이 됩니다. 가끔 bwa를 돌릴 때 결과가 다 안 나오는 경우가 있습니다. (서버가 바쁘거나 혹은 가끔 이런일이 발생함) 2021. 8. 24. 이전 1 다음
