KEGGREST2 [R] KEGGREST package KEGG는 일본에서 만든 pathway관련 데이터 베이스입니다. www.genome.jp/kegg/ KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes www.genome.jp 위 사이트를 가시게 되면 연구되고 있고, 알려져 있는 대부분의 pathway를 잘 정리를 해놓았습니다. pathway에 대해 모르시는 분들도 있을 것 같아. 간단하게 설명을 하면 생물체는 공장이라고 생각하시면 됩니다. 어떤 공장이든 특정 부분을 담당하는 기계 혹은 사람들이 있습니다. 그들 자체를 pathway라고 생각하시면 됩니다. 반복되는 일을 특정 사람, 기계가 하는 것이죠. 그리고 일이 시작되는 앞 혹은 뒤에서 일을 멈추거나 밀리게 되면, 알아서 쉬거나 혹은 다른 일을 찾는 일까지 가능하죠. 이.. 2020. 10. 6. 약물의 유사도를 구해보자! (tanimoto, jaccard, fmscR) 약물은 각자의 Target에 작용하는 작용기들이 있습니다. 그렇기 때문에 사람들은 유사한 약물일수록 비슷한 기능을 할거다 라고 생각을 하게 됩니다. (실제로도 그러는 경우가 있죠. 예를 들어 탈모약들!) 그래서 약물의 유사도를 측정을 하게 되는데 주로 많이 사용되는 방법중 하나가 tanimoto coefficient입니다. (사실 tanimoto밖에 안배웠어요... 다른 방법도 아시면 아래 댓글남겨주세요) jaccard similarity라고도 하는 tanimoto 방식은 많은 곳에서 사용이 되고 있습니다. 예를들어 이미지분석에서 많이 사용이 되는 것으로 알려져있습니다. tanimoto coefficient의 식은 다음과 같습니다. 화합물에 유사도를 얻기 위해서는 유사도의 기준이 있어야겠죠 . 이 기준은.. 2020. 8. 12. 이전 1 다음
