drug repositioning2 [약물] 약물의 유사도 확인하기, ECFP 실습, R package이용 이전에 포스팅하였던 내용인 약물의 ECFP를 계산하고 tanimoto coefficient 유사도를 찾는 실습을 해보고자 합니다. R을 이용한 분석이고 추후에 python에 대한 분석도 올릴 예정입니다. 패키지로는 Rcpi, rcdk package를 이용하겠습니다. 최근 ChemmineR package가 나오긴 했지만, 주로 많이 사용하는 package를 사용하도록 하겠습니다. (ChemmineR에는 ECFP 계산하는게 없는것 같네요..) 참고로 rcdk는 install.packages 를 이용하면되고, Rcpi의 경우 Bioconductor를 이용(BiocManager::install)해서 설치를 해야합니다. 그리고 주의점은 rcdk, Rcpi의 경우 뭔가 설치하는데 예민한것 같습니다.(설치가 쉽지가 .. 2020. 12. 10. [약물] chemical fingerprint, ECFP (Extened Connectivity FingerPrint) - drug repositioning, drug discovery 오늘 포스팅할 내용은 ECFP라는 개념에 대해서 설명하고자 합니다. 먼저 알아둬야할 개념은 fingerprint인데, fingerprint란? 무엇일까요? 영어 사전에 찾아보면 "지문"이라고 나옵니다. 지문의 가장 큰 특징은 사람마다 다르다는 특징이 있습니다. 사람마다 다르기 때문에 최근에는 휴대폰의 잠금해체에도 이용되고 있죠. 사람들마다 지문이 같을 확률은 10억분의 1정도라고 합니다. (네이버 지식인에서 급하게 찾아왔어요!ㅎㅎ) 이처럼 fingerprint의 뜻은 지문이기도 하지만 비슷하게 여러 뜻(digital fingerprint (전자 개인정보), genetic fingerprint (유전자 지문) 등)으로도 사용이 됩니다. 그렇다면 Chemical에서의 fingerprint는?! 무슨 뜻일까요.. 2020. 12. 9. 이전 1 다음
