drug screening2 약물의 유사도를 구해보자! (tanimoto, jaccard, fmscR) 약물은 각자의 Target에 작용하는 작용기들이 있습니다. 그렇기 때문에 사람들은 유사한 약물일수록 비슷한 기능을 할거다 라고 생각을 하게 됩니다. (실제로도 그러는 경우가 있죠. 예를 들어 탈모약들!) 그래서 약물의 유사도를 측정을 하게 되는데 주로 많이 사용되는 방법중 하나가 tanimoto coefficient입니다. (사실 tanimoto밖에 안배웠어요... 다른 방법도 아시면 아래 댓글남겨주세요) jaccard similarity라고도 하는 tanimoto 방식은 많은 곳에서 사용이 되고 있습니다. 예를들어 이미지분석에서 많이 사용이 되는 것으로 알려져있습니다. tanimoto coefficient의 식은 다음과 같습니다. 화합물에 유사도를 얻기 위해서는 유사도의 기준이 있어야겠죠 . 이 기준은.. 2020. 8. 12. 화합물 파일 구조 (mol, sdf file 구조) drug screening이란 약물 테스트라고 생각하면됩니다. 소변안에 drug screening한다는 것은 뽕쟁이를 찾는다는 말이기도 합니다. 그런데 여기서 말하고 싶은 drug screening이란 새로운 약물을 찾는 것입니다. 그러기 위해서는 화합물들의 정보를 컴퓨터로 불러와서 분석을 진행해야하는데 화합물들의 정보 (원소의 위치, 분자량의 정보 등등)들은 mol, sdf file format으로 저장되어집니다. 오늘은 이 mol, sdf file format에 대해 간단하게 알아보도록 하겠습니다. 두둥탁! mol file은 아주 기본적인 화합물 format으로 안에 정보에는 많은 정보들을 포함하고 있는데 1. 원소들의 x-y-z좌표 정보들을 포함하고 있습니다. 2. bond 결합의 정보 3. 화합물.. 2020. 8. 12. 이전 1 다음
