mapped read1 [유전체] samtools, bedtools 이용해서 특정 부분 mapping된 fastq만들기 우선 먼저 mapping된 read만을 가져오기 위해서 아래 포스팅을 참조하세요~! https://mopipe.tistory.com/150 [유전체] samtools이용해서 mapped read만 가져오기 가장 먼저 fastq에서 alignment를 시켜줍니다. (bowtie2, bwa 등 이용해서 알아서) 그리고 sam file을 bam file로 변경시킴 (반대로 bam파일을 sam파일로 변경가능) # sam to bam samtools view -Sb [input.sam] >.. mopipe.tistory.com Target region은 chr6번을 이용하여 분석을 해보겠습니다. bwa-0.7.17 mem chr6.fa.gz SRR794684_R1.fastq.gz SRR794684_R2.fastq.. 2021. 10. 26. 이전 1 다음
