ref가 다르다1 [GWAS] 두 vcf 파일을 합칠 때 ref가 다를 경우 어떻게 해야할까? 최근 들어온 질문 중에 vcf를 합치다가 보니 두 파일에 같은 위치에서 reference snp이 반대되는 경우는 어떻게 해야하나요? 라는 질문을 받았습니다. 우리가 생각하는 reference는 hg19, hg38에 기준으로 생각 할 수 있지만, vcf를 만드는 여러 과정중에 reference가 변경될 수가 있습니다. 그래서 결국 Reference가 다른 vcf를 어떻게 합칠것이냐?! GWAS를 분석할때 주로 많이 사용되는 툴인 Plink에서는 두가지의 plink format를 합치는 기능도 있습니다. 그래서 한번 합쳐보도록 하죠. 예전에 연습용으로 사용했던 이명 관련 데이터를 이용해서 연습 파일을 만들어 보도록 하겠습니다. 다음과 같이 ref가 다른 두 개의 파일을 만들었습니다. 위가 part1, 아래.. 2021. 6. 24. 이전 1 다음
