[R] scRepertoire에서 오류 해결 방법

scRepertoire라는 single cell 분석 툴이 있습니다.

 

여기서 conbineTCR이라는 기능이 있는데 가끔 버전마다 에러가 생기는 경우가 발생합니다.

 

예를들어 다음과 같은 에러가 뜨는 경우가 있습니다.

Error in `$<-.data.frame`(`*tmp*`, "sample", value = "a") : 
  replacement has 1 row, data has 0

 

이럴때에는 scRepertoire에서 제공하는 예제 파일을 확인하여 colname비교를 해보거나, 혹은 combineTCR이 받는 데이터인 'barcode', 'chain', 'productive' 를 잘 보면 됩니다.

 

 저같은 경우는 productive 부분에서 'TRUE' 로 써야할 것을 'true'로 써서 안되는 경우였습니다.

 

버전에 따라 scRepertoire가 최적이 안된것 같아 보입니다.

 

감사합니다.