[R] R package error 해결 방법 중 하나

 

Single cell 분석에서 아주 화가나는 error가 발생했었습니다.

 

jointlevel_fft_twosided.cpp:10:10: fatal error: fftw3.h: No such file or directory
 #include <fftw3.h>
          ^~~~~~~~~
compilation terminated.
/home/user/anaconda3/lib/R/etc/Makeconf:181: recipe for target 'jointlevel_fft_twosided.o' failed
make: *** [jointlevel_fft_twosided.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘qqconf’
* removing ‘/home/user/R/x86_64-conda-linux-gnu-library/4.0/qqconf’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘qqconf’ had non-zero exit status
ERROR: dependency ‘qqconf’ is not available for package ‘metap’
* removing ‘/home/user/R/x86_64-conda-linux-gnu-library/4.0/metap’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘metap’ had non-zero exit status

The downloaded source packages are in
   ‘/tmp/Rtmpc3pAn0/downloaded_packages’

 

jointlevel_fft_twosided.o error에 대해서도 잘 안나오고 뭔가 서버에 설정을 다시 만져줘야 할 것 같은데, 그러다가 서버가 꼬일수 있으니 겁이나고.. 원인이나 해결방법을 찾아 보았습니다.

 

그래서 조금 error를 읽어보니 meptap을 설치하는데에 최신 버전을 설치하는데 뭔가 오류가 발생했다는 것 같아보였습니다. (meptap의 최신(2022-02-10)은 오늘 기준(2022-03-22)으로 나온지 얼마 안되었기 때문에 호환성 문제가 발생할수 있지 않을까 했습니다.)

 

그래서 해결방안을 찾던중에 singlecell 분석에서 사용해야될 metap 최소 버전이 최신것보다 낮다 라는 것을 알게되었고, 그래서 특정 버전을 맞춰서 설치를 하고자 하였습니다.

 

 그럴때 사용한 방법이 devtools라는 package를 이용하여 패키지를 특정 버전으로 설치하는 것입니다. 그래서 다음과 같이 진행을 하니 해결이 되었습니다.

 

library(devtools)
install_version("metap", version = "1.4", repos = "http://cran.us.r-project.org")

 

mutoss도 다시 설치하라는 경고가 뜨면 mutoss 다시 설치후 다시 위 코드를 쳐주시면 됩니다.

 

오늘 요약을 하자면 install.packages에서 최신 패키지 설치가 안될경우 package는 devtools을 이용하여 특정 버전을 설치해주면 해결될수도 있다.