기본적인프로그래밍/python25 [xml,lxml, python] xml, lxml 정리 및 python으로 다뤄보기 이미지 분석 중에 segmentation 분석을 하기 위해서는 annotation 파일을 다룰 줄 알아야 합니다. annotation 데이터 중에는 xml 포멧이 있는데 보기만 해도 어렵습니다. xml의 경우 annotation 데이터이외에도 다양한 자료를 정리할때 사용이 됩니다. 또한 보면 html, lxml과도 정말 비슷한 구조를 하고 있고, 분석을 할때도 유사한 패턴으로 분석이 가능합니다. 1. xml 구조 정리 xml분석에 앞서 필요한 것들만 간단하게 정리를 하자면, xml은 일반적으로 트리(tree)형태의 계층구조를 갖습니다. 하나의 root에 아래 다양한 child요소가 차례로 연결되어 있으며, 역슬래시 / 로 끝을 구분(end-tag)합니다. xml 파일을 보면 알아서 정렬이 되어 있는 경우.. 2022. 9. 14. [Rosalind, python] Mendel's First Raw 오늘은 Mendel의 첫번째 법칙! 우열의 법칙에 대한 문제에 대한 풀이를 하려고 합니다. 참고로 Rosalind 결과 스포가 있을 수 있습니다. 휴우.. 대학교때 공부를 못해서 그런지 이번에도 오답이 많았습니다. (실수도 많이 하구요) 문제에서는 일단 확률 이야기를 합니다. 조합(Combination) 이야기도 나오고 합니다만 잘 읽어보시고, 그래서 문제를 잘 읽어 보셔야합니다. k, m, n을 주는데 k는 homo(dominant), m은 hetero, n은 homo (recessive) 입니다(이것 순서 때문에 오답 한번 추가했습니다.). k=2,m=2,n=2일 경우 짝을 지어서 자식을 낳을경우 만들 수 있는 표현형 중에 dominant를 포함하는 확률을 구해라 입니다. 1. Homo(dominan.. 2022. 6. 21. [python, rosalind] Overlab Graphs Rosalind를 풀면서 항상 실수를 연발하게 됩니다. 휴우.. 최근들어 다시 Rosalind를 풀기 시작했는데, 멘델의 법칙문제와 이번 포스팅의 주제인 Overlab Graphs를 아주 고전하면서 풀었습니다. 먼저 이야기하지만, Rosalind를 풀때는 꼭 깊게 생각하시고, 생각을 다양하게 해보시기 바랍니다. 예를들어 FASTA파일을 읽을 때, >이후로 1줄만 읽게 한다던가................ 한 6번 틀린것 같습니다. 이것 때문에.. 제 알고리즘은 맞았습니다. 물론.. 코드가 더럽긴하지만요. 그런데 파스타파일의 특정을 잃어버리고 있었더라구요. 아무튼 진행해보도록 하겠습니다. 설명은 다음과 같습니다. 1. A Brief Introduction to Graph Thery 네트워크는 어디에서든 있.. 2022. 5. 24. [python] class 란 무엇일까? 1. python class가 중요한 이유? python을 잘 다루기 위해서 필수적으로 해야하는 부분이 이 class입니다. 저도 초반에 python을 야메로 배우면서 이 class라는 부분을 대충 넘겼는데, 나중에 되서 조금 고생좀 했습니다. class에 대해서 정말 잘 설명해주는 곳도 없었고, 계산기비유를 하는데.. 그냥 +,-,/,* 하면 되는 것 아닌가 했었죠. 그런데 deep learning에서도 이 class 기능으로 어떤 함수를 만들어 쉽게 진행하는 것을 보았고, 기타 이외에 정말 고수들은 이 class를 잘 사용한다는 특징이 있었습니다(deep learning에서 generator 생성시에도 class를 사용하더군요.). 여하튼 본론으로 들어와서 class를 꼭 이해하고 넘어가시길 바랍니다.. 2022. 3. 22. [jupyter] linux, windows, OS X 세팅! (외부접속 가능하게!) 기본적인 세팅은 다음 포스팅을 참조하시고 https://mopipe.tistory.com/97 [jupyter] 설치부터 외부접속 가능하게 설정 (Ubuntu, linux용) jupyter는 R에서 Rstudio와 같은 존재라고 할수가 있을 것 같습니다. 오늘은 ubuntu에서 간단한 jupyter의 설치부터 외부접속이 가능하게 세팅을 해보도록 하겠습니다. 윈도우의 경우에는 뒤에 외부접속 mopipe.tistory.com 여기서 Configuration file의 위치에 대해 간단하게 설명하고자 합니다. # configuration file이 없을경우 다음을 쳐주세요 jupyter notebook --generate-config 그리고 다음 경로에서 configuration을 확인할 수가 있습니다. Wi.. 2021. 8. 23. [python] 방향키로 이전 스크립트가 안보일때 회사나 워크샵 등과 같은 다양한 서버를 사용하게 될때 세팅이 나와 맞지 않아 불편한 경우가 많습니다. 저도 마찬가지로 불편함을 겪었던 일이 있었는데, 바로 방향키로 이전에 쳤던 명령어가 나올줄 알았는데, 실제로 [[A , [[D 와 같은 이상한 문자들이 출력되는 상황이 벌어지는 일입니다. 이럴경우 두가지 방법으로 해결이 가능합니다. readline module을 pip 을 이용해서 설치를 합니다. pip install readline 이러는 데에도 에러가 발생이 될수가 있는데 다음과 같습니다. free(): invalid pointer Aborted (core dumped) 이러는 경우는 readline을 제거 해주면 문제가 해결이 되고, readline대신에 gnurealine을 설치를 하면됩니다. p.. 2021. 7. 26. 이전 1 2 3 4 5 다음
