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[R] read.table 시에 에러 해결 R을 읽다 보면 다음과 같은 에러가 발생합니다. Error in make.names(col.names, unique = TRUE) : invalid multibyte string at 'ȣ' 자료에 없던 내용이 문제라고 뜬다면 대부분 encoding 문제이기 때문에 다음을 추가해주면 됩니다. data 2020. 10. 7.
[Mysql] Mysql 기본 명령어 RMySQL package에 필요한 것 위주로 올리겠습니다. (필요시 지속적인 업데이트 진행하겠습니다.) 명령어 기능 명령어 기능 ALTER TABLE 테이블 내부 값 변경 GRANT 권한 설정 SELECT 테이블 보고 싶은 변수 설정 DESC 자료 설정확인 INSERT DB에 데이터 값 추가하기 CREATE 기능추가 (DB, index) DROP 뭔가 삭제할때 사용 대용량 데이터 복사해서 DB에 추가할때 다음과 같은 오류발생 시 ERROR 3950 (42000): Loading local data is disabled; this must be enabled on both the client and server side Mysql들어가서 다음과 같이 진행하면 됨. show global variables .. 2020. 10. 6.
[R] RMysql Package 속도 최적화 방법 최근 shiny공부를 하다가 보니 Mysql 과 같은 DB를 사용하는 것에 대한 중요성을 느끼게 되었습니다. 왜냐하면 shiny와 같은 경우 페이지 작동마다 가벼운 동작을 해야하는데, read.table같은 기능을 이용할 경우 데이터가 커질수록 느려질수 밖에 없기 때문입니다. 그렇기 때문에 Mysql db를 이용하면 필요할 때만 빠르게 읽고, 쓰기가 가능해지게 됩니다. 그러나 Mysql db를 RMysql package를 이용하여 배우게 되면, 속도에 대한 최적화를 하기가 힘들수 있습니다. 그래서 이번 포스팅은 Mysql db의 속도를 최적화하는 방법에 대해서 이야기해보도록 하겠습니다. 먼저 RMysql을 이용하기 위해서는 Mysql에 접근을 해야하는데, 이때 사용하는 package는 DBI라는 pack.. 2020. 10. 6.
[R] KEGGREST package KEGG는 일본에서 만든 pathway관련 데이터 베이스입니다. www.genome.jp/kegg/ KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes www.genome.jp 위 사이트를 가시게 되면 연구되고 있고, 알려져 있는 대부분의 pathway를 잘 정리를 해놓았습니다. pathway에 대해 모르시는 분들도 있을 것 같아. 간단하게 설명을 하면 생물체는 공장이라고 생각하시면 됩니다. 어떤 공장이든 특정 부분을 담당하는 기계 혹은 사람들이 있습니다. 그들 자체를 pathway라고 생각하시면 됩니다. 반복되는 일을 특정 사람, 기계가 하는 것이죠. 그리고 일이 시작되는 앞 혹은 뒤에서 일을 멈추거나 밀리게 되면, 알아서 쉬거나 혹은 다른 일을 찾는 일까지 가능하죠. 이.. 2020. 10. 6.
[R] 변이 위치 표시해보기! 아주 오랜만에 포스팅을 하네요 ㅎㅎ 샤이니 공부하면서 새로 배운 것들 정리하러 왔습니다. GWAS를 분석할때나 혹은 변이를 분석하고 논문을 낼 때 참고용 그림으로서 변이의 위치가 유전자 어디에 있는지에 대한 그림을 넣는 경우가 있습니다. 예전 GWAS분석 후 논문 제출 때에도 비슷한 그림을 그려서 낸적이 있기 때문에 약간의 필요성이 있을 것이라 생각하고 포스팅합니다. 물론!! R package에서 더 이쁘게 그려주는 tool이 있을 수 있지만 좀더 커스텀이 가능한게 장점이죠 ㅎㅎ Lolipop plot R 기본 plot으로도 변이 그래프를 그릴 수가 있습니다. 먼저 유전자들 전체의 시작과 끝들을 알아야 합니다. 이러한 정보들은 UCSC table browser를 통해 얻을 수 있습니다. 예시로 다음과 같.. 2020. 9. 14.
Shiny 시작! 요즘 너무 바쁩니다!! 핑계핑계!! 물박사의 핑계!! ㅎㅎㅎㅎ 논문 마무리가 아직도 안되고 있네요 ㅎㅎㅎ 논문 마무리하면서 (리뷰어의 의견을 기다리는 동안) 샤이니를 이용한 홈페이지를 만들어볼까합니다! 아주아주 실용적인 패키지중에 하나입니다! 다른 주제처럼 흐지부지가 안되게! 잘 배우고 정리해서 올리도록 하겠습니다! 2020. 9. 11.

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