Genome wide association study3 [GWAS] 결과 분석하는 방법 (assoc function) 실습용 데이터는 Gilles, Annick, et al. "A pilot genome-wide association study identifies potential metabolic pathways involved in tinnitus." Frontiers in neuroscience 11 (2017): 71. 을 이용하였습니다. 결과 분석을 간단하게 알려드리기 위해서 포스팅합니다. plink를 돌리게 되면 주로 결과는 MAF를 이용하여 확인하게 됩니다. 질병군 정상군 Minor Allele Frequency Major Allele Frequency Minor Allele Frequency 일반 변이일 가능성이 농후 질병변이의 가능성 농후 Major Allele Frequency 일반 변이일 가능성이 농.. 2021. 2. 1. [GWAS] plink 이용해서 vcf만들기~ 저번 포스팅은 https://mopipe.tistory.com/9 Plink input format (형식확인) plink를 설치를 했으면, 설치폴더에 toy라는 파일들이 보입니다. toy.ped, toy.map 이렇게 두 파일의 경우 기본적인 plink input file format입니다. 샘플수가 많을경우 binary파일로 바꿔줘야하는데, 그렇게 바 mopipe.tistory.com plink input file에 대해서 알아보았고, 이번 포스팅 내용은 input file 만드는 법! 혹은 plink파일에서 vcf를 만드는 방법!!을 알려드리겠습니다! 연습데이터로는 A Pilot Genome-Wide Association Study Identifies Potential Metabolic Pathwa.. 2020. 6. 8. [GWAS] plink 설치 및 설정하기. Plink 설치하기 일단 구버전 말고 신버전( plink 1.90 beta )를 설치를 할겁니다! 준비물을 리눅스! 생물정보학을 하려면 리눅스는 필수라고 생각합니다. (맥포함) 왜냐하면! 윈도우로 뭔가를 돌리기에는 윈도우자체가 이것저것 기본적으로 돌아가는 것도 많고, 컴돌이들이 말하는 "돌아가는 것이 무겁다?" 라는 이유때문입니다. 그리고 무엇보다도! 이 블로그 내용은 대부분 리눅스 중심으로 설명을 하려고 합니다. www.cog-genomics.org/plink/ PLINK 1.9 1: Solaris is no longer explicitly supported, but it should be able to run the Linux binaries. 2: These are just mirrors of th.. 2020. 6. 4. 이전 1 다음
