Heatmap3 [R] RColorBrewer 이용해서 색감을 확인해보자. (feat. pheatmap) 논문이나 보고서를 쓸때 heatmap을 그릴 때가 있습니다. 그럴때마다 항상 고민인 것은 Annotation color를 지정하는것입니다. 이번 포스팅은 RColorBrewer를 이용해서 쉽게 색감들의 이름을 확인해보고자 합니다. 먼저 연습 데이터로 Annotation color를 사용하는 heatmap을 그려보겠습니다. 연습데이터는 ggplot2에 있는 diamonds 데이터를 이용하겠습니다. library(ggplot2) library(pheatmap) data(diamonds) diamonds 2021. 12. 21. [R] pheatmap에 오류발생 (NA/NaN/Inf in foreign function call) pheatmap을 다루던 중 오류가 발생을 하는 경우가 있습니다. 그중 최근 해결한 문제들에 대해서 간단하게 포스팅 해보도록 하겠습니다. Error in hclust(d, method = method) : NA/NaN/Inf in foreign function call (arg 10) Calls: pheatmap -> cluster_mat -> hclust Execution halted 위와 같은 문제는 데이터안에 NA, nan inf가 있는지 확인하시고 만약 세개다 없을 경우 row든 column이든 평균이 0인 경우를 제외하면 됩니다. # NA 확인 View(apply(mat,1,is.na)) # NAN 확인 View(apply(mat,1,is.nan)) # Inf 확인 View(apply(mat,1.. 2021. 4. 19. [R] pheatmap으로 예쁜 heatmap 그리기 Expression 연구를 하다가 보면 많이 사용하는 그림이 heatmap입니다. heatmap의 대표적인 용도는 보여주기식(우리가 발현한 유전자들이 대략 그림처럼 cluster가 되어있다!!)이 강합니다. 뭔가 두 그룹이 다르다는 것을 t.test pvalue이외에도 사람들이 알기 쉽게 하기 위해서는 이러한 heatmap이 필요합니다. heatmap은 기본적인 heatmap, gplots package에 heatmap.2 기능이 있습니다. 그리고 사람들이 많이 사용하는 ggplot2에서도 만들 수가 있구요. 그러나 오늘은 아주 예쁘게 heatmap을 만들기 위해 주로 사용하는 pheatmap(pretty heatmap)에 대해 실습을 하고자 합니다. UCSC XENA 데이터를 이용하여 분석을 할 것입니.. 2021. 1. 29. 이전 1 다음
