PCA2 [MS,protein] 단백질양 imputation 방법소개 1. 서론 단백질은 표현형에 직접적인 관여를 하기 때문에 중요합니다. 그러나 단백질을 정확하게 측정하기 위해서는 많은 요인들 때문에 힘듬니다. 예를 들어 post translational modification (전사후 수정과정)으로 인해서 단백질들이 변화 할수도 있고, 단백질의 특성상 반감기가 짧은 단백질이라던지 등 많은 요인들이 있습니다. 위 같은 요인은 둘째치더라도 조직들의 단백질 양을 이용한 분석을 통해 질병군과 대조군 사이 마커를 찾는다던지 Differential Expression Gene (DEG)가 실제로 단백질양에서도 변화를 일으키는지 등을 보기 위한 연구가 많이 이루어지고 있습니다. 뭐 단순하게 발현이 됬다 안됬다를 보기 위해서는 western blot을 이용하면 되지만 RNA 양을 비.. 2021. 12. 2. [R] 차원축소 PCA, PCoA (MDS) 실습 데이터 유사도! Multidimensional scaling 일명 MDS plot이라고도 하는 그림을 분석하다가 가끔 봅니다. Array Genotyping QC에서도 보고, GWAS QC과정에서도 보고 여러군데에서 많이 볼수 있는 그림인데, 샘플들끼리의 유사도를 확인하는데 주로 많이 사용하는 것 같습니다. (RNA edge R에서의 MDS plot도 같은 방법임) MDS에는 여러 방법들이 있지만, 주로 많이 사용되는 방법은 Principle coordinates Analysis (PCoA, Classical multidimensional scaling) 인데, 영어 풀네임을 보면 뭔가 비슷한 개념이 생각이 날 수가 있는데, 바로 principle component analysis (PCA)입니다. ! MDS 다른 방법.. 2020. 12. 5. 이전 1 다음
