R package3 [R] pheatmap으로 예쁜 heatmap 그리기 Expression 연구를 하다가 보면 많이 사용하는 그림이 heatmap입니다. heatmap의 대표적인 용도는 보여주기식(우리가 발현한 유전자들이 대략 그림처럼 cluster가 되어있다!!)이 강합니다. 뭔가 두 그룹이 다르다는 것을 t.test pvalue이외에도 사람들이 알기 쉽게 하기 위해서는 이러한 heatmap이 필요합니다. heatmap은 기본적인 heatmap, gplots package에 heatmap.2 기능이 있습니다. 그리고 사람들이 많이 사용하는 ggplot2에서도 만들 수가 있구요. 그러나 오늘은 아주 예쁘게 heatmap을 만들기 위해 주로 사용하는 pheatmap(pretty heatmap)에 대해 실습을 하고자 합니다. UCSC XENA 데이터를 이용하여 분석을 할 것입니.. 2021. 1. 29. [약물] chemical fingerprint, ECFP (Extened Connectivity FingerPrint) - drug repositioning, drug discovery 오늘 포스팅할 내용은 ECFP라는 개념에 대해서 설명하고자 합니다. 먼저 알아둬야할 개념은 fingerprint인데, fingerprint란? 무엇일까요? 영어 사전에 찾아보면 "지문"이라고 나옵니다. 지문의 가장 큰 특징은 사람마다 다르다는 특징이 있습니다. 사람마다 다르기 때문에 최근에는 휴대폰의 잠금해체에도 이용되고 있죠. 사람들마다 지문이 같을 확률은 10억분의 1정도라고 합니다. (네이버 지식인에서 급하게 찾아왔어요!ㅎㅎ) 이처럼 fingerprint의 뜻은 지문이기도 하지만 비슷하게 여러 뜻(digital fingerprint (전자 개인정보), genetic fingerprint (유전자 지문) 등)으로도 사용이 됩니다. 그렇다면 Chemical에서의 fingerprint는?! 무슨 뜻일까요.. 2020. 12. 9. [R] KEGGREST package KEGG는 일본에서 만든 pathway관련 데이터 베이스입니다. www.genome.jp/kegg/ KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes www.genome.jp 위 사이트를 가시게 되면 연구되고 있고, 알려져 있는 대부분의 pathway를 잘 정리를 해놓았습니다. pathway에 대해 모르시는 분들도 있을 것 같아. 간단하게 설명을 하면 생물체는 공장이라고 생각하시면 됩니다. 어떤 공장이든 특정 부분을 담당하는 기계 혹은 사람들이 있습니다. 그들 자체를 pathway라고 생각하시면 됩니다. 반복되는 일을 특정 사람, 기계가 하는 것이죠. 그리고 일이 시작되는 앞 혹은 뒤에서 일을 멈추거나 밀리게 되면, 알아서 쉬거나 혹은 다른 일을 찾는 일까지 가능하죠. 이.. 2020. 10. 6. 이전 1 다음
