Sanger sequencing2 [기본개념] Variant Calling 할때 주의점 Variant calling을 할때 주의해야할 점이 있습니다. 저 같은 경우는 예전 VCF에 변이가 있으면 아 있구나 하고 분석에 포함을 시켰습니다. 그러다 실제 변이확인을 위해 sanger sequencing을 진행했는데 변이가 안나오는 경우를 겪었습니다. (결과를 확인하는데 키보드탁! 글자 조각들이 드래곤볼이 되어 흩어졌죠.) 왜 그랬던 걸까요? 우리가 분석해야할 VCF안에 변이는 1. Single cell에서 나온 것이 아닙니다. 2. 시퀀싱오류에 의한 변이들이 있을 수 있다. 3. Normal세포도 분명히 있다. (normal세포에서도 약간의 차이나는 변이들도 있을가능성) - 조직을 추출할때 암부분만 골라서 추출하기 힘들고, Rare한 조직의 경우 어쩔수 없이 normal데이터가 같이 뽑힙니다. .. 2020. 8. 7. [실험기본] primer 디자인 (제작) 오늘은 primer제작에 대해서 이야기 하려고 합니다. primer 디자인하는 것은 BI로서는 조금 생소 할수도 있을 것 같습니다. (BI 대부분 컴돌이라서.. ?) 그래도 만약 소규모 렙이나 회사에 간다면 이런것 즈음 간단하게 알아 주면 괜찮겠죠? 프라이머 제작을 하는 이유는 여러가지가 있겠지만, 저는 Sanger sequencing(생어 시퀀싱)을 하기 위한 프라이머 제작을 몇번 해보았습니다. (프라이머 제작은 아마 다 비슷하지 않을까요?) 일단 그전에 생어 시퀀싱을 하는 이유에 대해서 이야기 해보자면 NGS, Genotype array 분석에서 분석자들이 찾은 변이가 그 위치에 실제 있는지 확인차 하는 것입니다. 프라이머를 제작하기 위해서는 필요한 것이 당연히 확인 해야할(하고싶은) 시퀀스죠! 확인.. 2020. 6. 29. 이전 1 다음
