fastq1 [유전체] samtools이용해서 mapped read만 가져오기 가장 먼저 fastq에서 alignment를 시켜줍니다. (bowtie2, bwa 등 이용해서 알아서) 그리고 sam file을 bam file로 변경시킴 (반대로 bam파일을 sam파일로 변경가능) # sam to bam samtools view -Sb [input.sam] > [output.bam] # bam to sam samtools view input.bam > output.sam bam file에서 mapped read만 가져오기 위해서는 sam flags라는 것을 알아야 합니다. https://broadinstitute.github.io/picard/explain-flags.html Explain SAM Flags broadinstitute.github.io 위 사이트를 들어가시게 되면 다음.. 2021. 8. 17. 이전 1 다음
