plink9 [GWAS] plink input format (형식확인) plink를 설치를 했으면, 설치폴더에 toy라는 파일들이 보입니다. toy.ped, toy.map 이렇게 두 파일의 경우 기본적인 plink input file format입니다. 샘플수가 많을경우 binary파일로 바꿔줘야하는데, 그렇게 바꾼 파일의 경우 뒤에 .bed,.bim,.fam 가 붙습니다. 기본적인 format에서 binary파일로 변환을 시킬수가 있는데 그러면 그 폴더 내에 toy_step1.bim, .bed, .fam이 생기게 됩니다. 우선 기본적인 input format을 확인해봅시다. vi*로 아무 toy파일로 들어가게되면 두 줄이 보인다. vi = 리눅스에서 터미널을 통해 텍스트를 읽어 올 수 있다. 용량이 많을 경우 느리게 반응함. 그럴때는 less -S 을 이용함. vi와 le.. 2020. 6. 5. [GWAS] plink 설치 및 설정하기. Plink 설치하기 일단 구버전 말고 신버전( plink 1.90 beta )를 설치를 할겁니다! 준비물을 리눅스! 생물정보학을 하려면 리눅스는 필수라고 생각합니다. (맥포함) 왜냐하면! 윈도우로 뭔가를 돌리기에는 윈도우자체가 이것저것 기본적으로 돌아가는 것도 많고, 컴돌이들이 말하는 "돌아가는 것이 무겁다?" 라는 이유때문입니다. 그리고 무엇보다도! 이 블로그 내용은 대부분 리눅스 중심으로 설명을 하려고 합니다. www.cog-genomics.org/plink/ PLINK 1.9 1: Solaris is no longer explicitly supported, but it should be able to run the Linux binaries. 2: These are just mirrors of th.. 2020. 6. 4. [GWAS] 시작 GWAS 개념은 추후에 진행하도록하고 먼저 GWAS에서 주로 많이 사용하는 Plink 사용법에 대해서 진행하도록 하겠습니다! 2020. 6. 3. 이전 1 2 다음
