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single cell 분석시에 가장 흔하게 사용되는 분석 도구가 R에 Seurat package입니다.
최근 분석을 하면서 Umap의 결과가 달라질 수 있다는 말을 들었습니다(tsne의 경우 매 분석마다 다르기 때문에 rds로 저장을 해주셔야 합니다.)
이 부분에 대해서 찾아보니 OS별로 혹은 컴퓨터 별로 발생이 될수가 있다고 이야기하고 있습니다(random seed를 고정해도 문제가 발생됩니다.).
분석할때 참고하시면 좋을 것 같습니다.
Seurat UMAP visualization result is mirrored after running in two identical environments
When I run the same R code in my local computer RStudio (R 4.0.2) and on Code Ocean R 4.0.3, I have two different UMAP visualization results and they are mirrored [] I use Seurat 3.2.0 version in ...
stackoverflow.com
p.s umap이외에도 FindMarker부분도 달라질 수 있다는 이야기를 들었습니다. 참고하세요~!
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