[유전체] samtools 오류 해결! SEQ and QUAL are of different length

samtools를 이용하여 bam 파일을 만들다 보면은 가끔 다음과 같은 에러가 발생할 수가 있습니다.

# 실행 명령어
samtools view -Sb input.sam > output.bam
# 뜨는 에러
[E::sam_parse1] SEQ and QUAL are of different length
[W::sam_read1] Parse error at line 5387631
[main_samview] truncated file.

 

이럴때는 fastq에서 sam파일을 다시 돌려보시면 해결이 됩니다.

 

가끔 bwa를 돌릴 때 결과가 다 안 나오는 경우가 있습니다. (서버가 바쁘거나 혹은 가끔 이런일이 발생함)