기본적인 개념19 MAF란? (Minor Allele Frequency) 모든 Bio관련 분석은 특정 변이를 기반으로 분석하기 때문에 변이와 연관된 단어인 MAF는 Bioinformatics를 하면서 가장 많이 보게 되는 단어일 수 있습니다. 위키에 MAF는 다음과 같이 이야기하고 있습니다. (위키는 참고용으로 생각하고 있습니다.) MAF는 주어진 population에서 두번째로 빈번하게 나오는 변이라고 합니다. 말 그대로 특정 population에서 Common하지 않는 (그렇다고 항상 Rare하다는 말은 아닙니다.) 변이라고 이야기합니다. 우리가 MAF를 중요하게 생각하는 이유는 바로 주어진 population에 따라서 MAF가 달라질수 있기 때문입니다. 예를들어 어떤 질병에 대해서 분석을 했을 경우 분석을 할때에는 질병만을 넣지 않고, 정상군도 추가로 넣어서 분석을 하게.. 2021. 2. 1. [우분투] screen 사용법 (로그파일 확인, 이름설정) 리눅스에서 혹은 우분투에서 프로그램을 여러개 돌리기 위해 터미널을 여러개로 띄우는 경우가 생깁니다. 그러다가 터미널을 정리하던 중에 몇 터미널을 실수로 닫기해버리면 돌리던 프로그램의 결과가 날라가버리는 아주 화나는 일이 일어나게 됩니다. 그런 불상사를 예방하기 위해서 우리가 할수있는 일은 프로그램을 background로 돌리는 방법이 있습니다. background로 돌리는 방법은 여러가지가 있습니다. nohup이나 screen, qsub, sbatch등이 있습니다. screen, qsub, sbatch와 같은 프로그램은 우분투에서 따로 설치를 해야하지만, nohup의 경우에는 우분투에 기본적으로 있습니다. 오늘 포스팅할 것은 위 네개의 프로그램중에 screen에 대해서 간단하게 설명하도록 하겠습니다. (.. 2020. 12. 21. [Mysql] Mysql DB 서버간 이동 시키기! 오늘 포스팅을 몰아서 하는것 같네요 Mysql을 사용하다 보면 컴퓨터를 바꾸거나, 서버를 바꿀때 DB를 이동해야 할 때가 옵니다. 저는 그 때가 오늘이네요. (오늘따라 화가 치밀어 오르네요!) Mysql DB를 서버간 이동시키는데, 포스팅 몇개를 보고 따라해도 안되는 경우가 있더라구요. 그래서 Ubuntu mysql-server version : 8.0.22-0ubuntu0.20.10.2 (Ubuntu)에서 제가 DB를 이동시킬때 했던 방법을 포스팅 하려고 합니다. step1 .이동시킬 DB를 sql로 만들기 (원래 DB가 있던 디바이스에서 진행) 먼저 terminal에서 mysqldump를 이용해서 sql파일을 만듭니다. sudo mysqldump -uroot -p DB명 > 어디다 저장할꺼냐/DB저장.. 2020. 12. 18. [윈도우] 윈도우10 비밀번호 잃어버렸을경우 윈도우 비밀번호를 까먹거나 바꿨는데 잘 맞지 않는 경우가 있습니다! (내가 써놓았는데 잘못 입력된경우) 그럴땐!! 윈도우로 들어가셔서 찾기에 cmd를 누르고 다음과 같이 진행하시면 됩니다. (절때 끄지 마시고) # cmd net user 먼저 치기 # 첫번째 열 첫번째 줄 (1,1)에 글자를 써주기 (대부분 여러분 로그인 할때 ID일겁니다) net user window_id 1234 위와 같이 진행하면 window id의 비밀번호가 1234로 변경되는 것을 확인할 수가 있습니다. 들어가시거나 변경할때, 1234를 쓰시면 됩니다! 잘 보셧다면 주변 광고 한번씩만 클릭 부탁드립니다! 감사합니다! 2020. 11. 9. [Mysql] Mysql 기본 명령어 RMySQL package에 필요한 것 위주로 올리겠습니다. (필요시 지속적인 업데이트 진행하겠습니다.) 명령어 기능 명령어 기능 ALTER TABLE 테이블 내부 값 변경 GRANT 권한 설정 SELECT 테이블 보고 싶은 변수 설정 DESC 자료 설정확인 INSERT DB에 데이터 값 추가하기 CREATE 기능추가 (DB, index) DROP 뭔가 삭제할때 사용 대용량 데이터 복사해서 DB에 추가할때 다음과 같은 오류발생 시 ERROR 3950 (42000): Loading local data is disabled; this must be enabled on both the client and server side Mysql들어가서 다음과 같이 진행하면 됨. show global variables .. 2020. 10. 6. [기본개념] 염기의 변이에 대한 이야기 핵산 염기의 변화는 위와 같이 총 6가지 형태로 되어집니다. 이러한 정보를 봤을때 들었던 생각은 Transversion이 좀 더 많이 일어날텐데 실제로 그럴까? 라는 생각과 Transition과 Transversion사이에 synonymous, nonsysnonymous의 빈도가 얼마나 차이가 날까? 라는 생각이 들었습니다. 물론! 내가 생각한 것들은 다른 학자들이 연구를 했을 가능성이 높죠! 그래서 찾아보니! 가지의 수를 보면 확률적으로 Transversion이 더 많이 발생해야하지만, 실제로는 그렇지 않습니다. A - G 혹은 C - T의 변화가 더 많이 관찰되어집니다. (연구로는 절반 이상?!, 나중에 연구 논문 첨가 하겠습니다.) Transition의 경우 Silent 변이에서 더 많이 발견되었고.. 2020. 8. 18. 이전 1 2 3 4 다음
