기본적인프로그래밍44 [R] RColorBrewer 이용해서 색감을 확인해보자. (feat. pheatmap) 논문이나 보고서를 쓸때 heatmap을 그릴 때가 있습니다. 그럴때마다 항상 고민인 것은 Annotation color를 지정하는것입니다. 이번 포스팅은 RColorBrewer를 이용해서 쉽게 색감들의 이름을 확인해보고자 합니다. 먼저 연습 데이터로 Annotation color를 사용하는 heatmap을 그려보겠습니다. 연습데이터는 ggplot2에 있는 diamonds 데이터를 이용하겠습니다. library(ggplot2) library(pheatmap) data(diamonds) diamonds 2021. 12. 21. [R] bool로 받기 (na인지 아닌지, 대소문자인지 아닌지 확인) for문을 돌리다 보면 if문을 써야 할 때가 있고 다양하게 조건을 걸어야하는 경우가 생깁니다. 조건을 숫자로 이용할때도 있고, 혹은 NA인지, Null인지 아닌지를 확인하는 경우도 생깁니다. 그러는 경우는 is.(조건)만으로 대부분 확인이 가능합니다. is.array(x) is.numeric(x) is.character(x) is.factor(x) is.finite(x) is.interger(x) is.list(x) is.matrix(x) is.null(x) is.na(x) etc... is.상태 를 이용하면 bool로 받을 수가 있다. 최근에 UCSC에서 유전자 sequence 를 얻어서 분석하게 되었는데, 여기서 필요한 것이 대문자이냐? 소문자이냐? 라는 것을 알아야 했습니다. (UCSC에서는 Ex.. 2021. 10. 19. [jupyter] linux, windows, OS X 세팅! (외부접속 가능하게!) 기본적인 세팅은 다음 포스팅을 참조하시고 https://mopipe.tistory.com/97 [jupyter] 설치부터 외부접속 가능하게 설정 (Ubuntu, linux용) jupyter는 R에서 Rstudio와 같은 존재라고 할수가 있을 것 같습니다. 오늘은 ubuntu에서 간단한 jupyter의 설치부터 외부접속이 가능하게 세팅을 해보도록 하겠습니다. 윈도우의 경우에는 뒤에 외부접속 mopipe.tistory.com 여기서 Configuration file의 위치에 대해 간단하게 설명하고자 합니다. # configuration file이 없을경우 다음을 쳐주세요 jupyter notebook --generate-config 그리고 다음 경로에서 configuration을 확인할 수가 있습니다. Wi.. 2021. 8. 23. [python] 방향키로 이전 스크립트가 안보일때 회사나 워크샵 등과 같은 다양한 서버를 사용하게 될때 세팅이 나와 맞지 않아 불편한 경우가 많습니다. 저도 마찬가지로 불편함을 겪었던 일이 있었는데, 바로 방향키로 이전에 쳤던 명령어가 나올줄 알았는데, 실제로 [[A , [[D 와 같은 이상한 문자들이 출력되는 상황이 벌어지는 일입니다. 이럴경우 두가지 방법으로 해결이 가능합니다. readline module을 pip 을 이용해서 설치를 합니다. pip install readline 이러는 데에도 에러가 발생이 될수가 있는데 다음과 같습니다. free(): invalid pointer Aborted (core dumped) 이러는 경우는 readline을 제거 해주면 문제가 해결이 되고, readline대신에 gnurealine을 설치를 하면됩니다. p.. 2021. 7. 26. [jupyter] 두개의 버전의 python 사용하기 jupyter-lab이나, jupyter-notebook은 둘다 R에서 Rstudio같이 많이 사용하는 tool중 하나입니다. jupyter에서 두가지 버전을 사용하는 방법에 대해서 설명하고자 합니다. 그리고 추가적으로 기본적인 설정도 같이 알려드리고자 합니다. 1. 기본적인 간단한 세팅! jupyter-lab이나 notebook의 경우 대부분 서버를 통해 이용하고자 합니다. 혹은 개인 컴퓨터에서도요. 그럴때 세팅하는 방법은 다음과 같습니다. jupyter-lab이나 notebook을 사용하게되면 background에서 돌려지게끔 해야합니다. 그러기 위해서는 screen이라는 리눅스 기능을 이용할 것입니다. - background에서 돌리지 않으면, jupyter를 돌리다가 창을 끄거나 서버연결을 종료 .. 2021. 7. 12. [R] heatmap에 있는 원하는 그룹 가져오기 저번 heatmap관련 포스팅에서 들어온 질문이 원하는 그룹을 가져오고 싶다 라는 질문이 있었습니다. 간단하게 원하는 그룹을 가져오는 방법에 대해서 설명하도록 하겠습니다. TCGA - CESC의 데이터를 분석하도록 하겠습니다. 저번과 같이 상위 몇개만을 일단 가져오겠습니다. CESC 2021. 4. 9. 이전 1 2 3 4 5 6 ··· 8 다음
