[GWAS] plink 유용한 기능 (1) (exclude, extract)

plink QC를 공부하기 전에  plink에서 유용한 기능들을 다루어 보도록하겠습니다.

 

QC는 그냥 default로 사용하는 -hwe 0.00001로 진행하고 --Geno 0.05 이런식으로는

 

알려드릴수 있으나, 그러면 공부하는 의미가 없죠! 그렇기 때문에 조금만 더 찾아 본 후에 포스팅 하도록 하겠습니다.

 

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plink에 유용한 기능이 생각보다 많습니다.

 초창기 plink 공부할 때, plink 사이트 들어가자마자, 원하는 기능들만 쏙 빼고 창을 닫았습니다. (물박사 종특ㅎㅎㅎㅎㅎㅎ)

 

왜냐하면, 영어로 된것들 다 읽기 귀찮았거든요... ㅎㅎㅎㅎㅎㅎㅎ 

 

추후에 샘플들을 추가하거나, 혹은 분석한 것이 맞는지 확인을 할 때, 결국 다시 plink에 제가 필요한 기능들이 대부분 있더군요.

 

오늘 포스팅할 내용은 plilnk format을 합치는 기능!! 을 소개하고자 합니다.

 

GWAS가 population study라 그런지 샘플들의 수가 중요합니다.

 

그렇기 때문에, 샘플들 정보를 합치거나 나누는 것도 GWAS분석에서는 필수 기능들 중 하나일 것입니다.

 

plink에서는 plink format을 합치는 기능들이 있고, 원하는 변이들을 추출 혹은 제외하는 기능들이 있습니다.

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1. --extract [뽑을 list파일]

 

다음과같은 SNP을 뽑아보도록하겠습니다. 위 같이 Extract로 저장합니다.!

plink --bfileplink --bfile ../ARHI_IMPUTED_CLEANED --extract Extract --out Extract --make-bed

Output : Extract bim, bed, fam

 

Extract.bim

2. --exclude [제외시킬 list파일]

 

위 결과에서  exclude 할때 rs4626817 요놈만 지워보도록하겠습니다.

plink --bfile ./Extract --exclude exclude --out Exclude --make-bed

Exclude.bim

exclude를 진행하면 다음과 같이 제거가 된 채로 나오게 됩니다.

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3. vcf to plink format & --merge, --bmerge

 

다음 두 개의 vcf가 있습니다. 같은 위치이고 변이도 같습니다.

test1.vcf

test.vcf

위의 vcf 를 plink로 formatting하면,

 

plink --vcf test1.vcf --recode --out test1

plink --vcf test.vcf --recode --out test

 

그러면 map,ped파일들이 나오게 됩니다.

 

여기서 확인해야될 것은 map파일을 먼저 확인합니다. 

 

test.map, test1.map 포멧

이렇게  map파일 두번째 column이 동일할 때, 합칠 수가 있는데

 

plink --file test --merge test1.ped test1.map --out test_merge 

 

merge 실행시 

이렇게 되면 binary output으로 합쳐진 plink파일을 확인할 수가 있습니다.

 

참고로! 순서 지켜주셔야 합니다.

--merge ped file, map file or --merge prefix text (test.ped,test.map 일 경우 test만 기재)

--bmerge bed file, bim file, fam file or --bmerge prefix text (test1.bed, test1.bim, test1.fam일 경우 test1만 기재)

 

merge 된 vcf

 

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주의 사항!

 plink 의 default가 population내의 Minor allele frequency를 기준으로 잡기때문에 

 

두 개의 Population을 합칠 때, 특히나  binary파일로 합칠때, bim파일이 서로 안맞는 경우가 있으니,

(minor(A1), major(A2)가 population 크기마다 다르게 나타날 수 있음.)

 

주의를 하시고, vcf -> plink format으로 변경할때, --keep-allele-order 추가하면 ref alt가 동일하게 formatting이 됩니다.

 

그리고 나서 merge로 합쳐주면 되죠. 그리고 간혹가다 map 2번째 column이 없는 경우! (bim에서도 2번째 column이 없는 경우 포함)

 

python이나 기타 기술로 채워주셔야지요~ 저는 rs number 아니면, chrom:pos:ref:alt 이런식으로해서 key를 만들어 넣습니다.

 

각자의 취향으로 진행하시면 될 것 같습니다.

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오늘은 간단한 merge방법을 해보았습니다.

 

다음은 plink에서 할수있는 기본적인 통계! 를 배워보도록하겠습니다.~

 

감사합니다.