[유전체]samtools sort 에러 발생시 해결

bowtie2 이용해서 분석하는 도중에 samtools로 sort를 진행을 하면 가끔 다음과 같은 오류가 발생할 경우가 있습니다.

 

[E::bgzf_read] Read block operation failed with error 2 after 0 of 4 bytes
samtools sort: truncated file. Aborting

 

왜 그럴까 생각하지말고, 처음부터 fastq부터 진행을 해주시면 대부분 해결이 되었습니다.

 

그리고 bowtie2나 bwa의 경우 대부분 mapping되는 위치가 비슷하기 때문에 bwa도 같이 돌려 보시면서

 

bam파일의 크기도 체크를 해보시는 것도 방법입니다. 저렇게 에러가 난 경우는 대부분 만들어지다 만 경우가 대부분입니다. 

 

서버에서 여러 tool을 돌릴때 가끔 메모리 부족 때문에 중간에 멈추는 경우가 대다수입니다.

 

그렇기 때문에 위와 같은 에러가 나왔을때는 fastq파일부터 돌리는 것을 추천드립니다.