[GWAS] plink에 유용한 기능 (3) (filter-case,controls,males, etc)

plink에 그냥 있는 기능 몇 개 소개하겠습니다. (아침이라 간단하게!)

plink --bfile pre-filename --filter-cases --make-bed --out case_only
plink --bfile pre-filename --filter-controls --make-bed --out control_only
plink --bfile pre-filename --filter-males --make-bed --out male_only
plink --bfile pre-filename --filter-females --make-bed --out female_only
plink --bfile pre-filename --filter-founders --make-bed --out founder_only
plink --bfile pre-filename --filter-nonfounders --make-bed --out nonfounder_only

 

코드만 봐도 대략 어떤 느낌인지 아시겠죠?

 

1. case 만 가지고 와라.

2. control만 가지고 와라.

3. 남자만 가지고 와라.

4. 여자만 가지고 와라.

5. 가족중복이 없는 것만 가지고 와라.

6. 가족중복만 가지고 와라.

 

이러한 기능들은 특징을 갖는 샘플들을 모아서 AF를 확인한다던지, QC에 이용에 사용됩니다.

 

논문 쓸때도, case에서 AF, control에서의 AF를 확인하고 싶을 때가 있고(plink에 다른기능이 있긴하죠 --freq case-control),

 

 혹은 특징이 갖는 샘플들만을 이용해서 분석을 하고싶을때가 있죠. 

 

아무튼 이러한 기능이 있으니, 쓰시는 건 여러분들이 유용하게 쓰시면됩니다.