[GWAS] plink 설치 및 설정하기.

Plink 설치하기

 

일단 구버전 말고 신버전( plink 1.90 beta )를 설치를 할겁니다!

 

준비물을 리눅스! 생물정보학을 하려면 리눅스는 필수라고 생각합니다. (맥포함)

 

왜냐하면! 윈도우로 뭔가를 돌리기에는 윈도우자체가 이것저것 기본적으로 돌아가는 것도 많고,

컴돌이들이 말하는 "돌아가는 것이 무겁다?" 라는 이유때문입니다.

그리고 무엇보다도!

이 블로그 내용은 대부분 리눅스 중심으로 설명을 하려고 합니다. 

 

www.cog-genomics.org/plink/

PLINK 1.9

이곳에 가서 리눅스 전용 프로그램을 설치 후에

 

32 비트 64비트 잘 선택하시구요! x86 = 64비트, i386 or i686 이면 32비트!!

 

설치할 위치에 압축을 풀어주면 다음과 같이 나옵니다.

toy.map, toy.ped는 plink내에서 주는 예시파일입니다.

 

터미널을 이용하여 해당 위치로 가시거나, 혹은 위 사진처럼 설치된 폴더에서 마우스 오른쪽 클릭 Open in Terminal 을 이용해서 working directory로 들어갑니다.

 

다음과 같이 ./plink 를 치시면 돌아가게 됩니다.

 

다른 working directory에서 실행시키시려면 절대경로를 사용해야한다는거 생각하시구요.

그냥 ls, mkdir과 같이 아무데서나 이용하게 끔 만들고 싶으시면,

다음과 같이 적당한데 alias 설정 해주시구요.

 

Source .bashrc + 엔터!

터미널에서 cd + 공백 엔터! (홈디렉토리)

vi .bashrc들어가서

alias plink='plink 절대경로' 쳐주시고 저장!

그리고 source .bashrc 실행시켜주시면!

 

아무데서나 사용가능하게 되었습니다!