실용적인프로그래밍25 [R] 변이 위치 표시해보기! 아주 오랜만에 포스팅을 하네요 ㅎㅎ 샤이니 공부하면서 새로 배운 것들 정리하러 왔습니다. GWAS를 분석할때나 혹은 변이를 분석하고 논문을 낼 때 참고용 그림으로서 변이의 위치가 유전자 어디에 있는지에 대한 그림을 넣는 경우가 있습니다. 예전 GWAS분석 후 논문 제출 때에도 비슷한 그림을 그려서 낸적이 있기 때문에 약간의 필요성이 있을 것이라 생각하고 포스팅합니다. 물론!! R package에서 더 이쁘게 그려주는 tool이 있을 수 있지만 좀더 커스텀이 가능한게 장점이죠 ㅎㅎ Lolipop plot R 기본 plot으로도 변이 그래프를 그릴 수가 있습니다. 먼저 유전자들 전체의 시작과 끝들을 알아야 합니다. 이러한 정보들은 UCSC table browser를 통해 얻을 수 있습니다. 예시로 다음과 같.. 2020. 9. 14. [R] ggplot2 - Scatter plot 오늘은 ggplot에서 중요한 부분만 골라서 설명드리도록 하겠습니다. scatter plot기준으로 설명드리는 것이니 추후에는 다른 plot에 대해서도 포스팅하도록하겠습니다. 먼저 plot을 그리기 전에 데이터를 확인해보겠습니다. summary(diamonds) str(diamonds) View(diamonds) > summary(diamonds) carat cut color clarity depth table price x Min. :0.2000 Fair : 1610 D: 6775 SI1 :13065 Min. :43.00 Min. :43.00 Min. : 326 Min. : 0.000 1st Qu.:0.4000 Good : 4906 E: 9797 VS2 :12258 1st Qu.:61.00 1st Qu.. 2020. 7. 22. [R] ggplot - pair plot 그려보기 (ggplot 기초, gridExtra, ggfittext) 분석에서 사용되는 plot중에 pairplot이 있습니다. 기본적인 R에서는 pairs라는 기능을 이용하면 쉽게 만들수가 있지만, ggplot에서는 손수 만들어줘야하는 불편함이 있습니다. (정정하겠습니다. ggplot에는 plotmatrix, ggpairs등이 있는 것을 확인하였습니다.) 불편하지만, 그만큼 커스텀이 가능하다는 장점도 있습니다. ggplot을 이용하여 간단한 pairplot을 그려보면 다음과 같이 그릴 수 있습니다. library(ggplot2) library(gridExtra) library(ggfittext) data("iris") # pair plot test 2020. 7. 21. [R] ggplot2 package 기초 (qplot, ggplot) 오늘은 ggplot2의 기초에 대해서 포스팅 해보도록 하겠습니다. ggplot2은 R에서 아주 중요한 plot만드는 tool입니다. ggplot2에는 plot을 그리기 위한 방법이 ggplot(), qplot() 이렇게 두가지가 있습니다. qplot의 경우 대략적으로 그릴때 사용하고, ggplot의 경우는 세세한 컨트롤이 필요할때 사용합니다. 주로 논문을 쓰거나 할때는 ggplot을 이용합니다. 실제로 한번 차이를 비교해 봅시다. 1. ggplot, qplot의 차이점 library(ggplot2) data(iris) head(iris) > head(iris) Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species 1 5.1 3.5 1.4 0.2 setos.. 2020. 7. 20. [R] Machine learning (3) - Support vector machine (SVR, part2) 오늘은 어제에 내용인 Support vector machine (classification)에 이어서 분석해보도록 하겠습니다. 데이터셑 만드는 것은 이전 포스팅을 참고하시고 코드만 적어놓겠습니다. ※ 윈도우로 진행해보니까 많이 딜레이되네요. 데이터를 조금 줄여서 진행해보겠습니다. https://mopipe.tistory.com/38 Machine learning (2) - Support vector machine (SVM, part 1) 오늘은 Support vector machine (SVM)에 대해서 이야기해보려고 합니다! SVM은 Machine learning methods중에서 쓸만한 방법중 하나라고 생각합니다.! (SVM이 최고라능~!) 어떤 데이터를 넣어도 중간 이상은 하는.. mopipe.t.. 2020. 7. 10. [R] Machine learning (2) - Support vector machine (SVM, part 1) 오늘은 Support vector machine (SVM)에 대해서 이야기해보려고 합니다! SVM은 Machine learning methods중에서 쓸만한 방법중 하나라고 생각합니다.! (SVM이 최고라능~!) 어떤 데이터를 넣어도 중간 이상은 하는 방법! 이라고 생각합니다. 오늘도 데이터셑은 ggplot2에 있는 diamonds를 이용할 것입니다. 데이터셑 불러오거나 관련된 설명은 Linear regression 포스팅 앞부분을 참고해주세요! mopipe.tistory.com/37 Machine learning (1) - Linear regression machine learning에서 가장 기본적인 linear regression에 대해 포스팅하려고 합니다. 포스팅해야할 주제는 많은데 정리가 잘 안.. 2020. 7. 9. 이전 1 2 3 4 5 다음
