실용적인프로그래밍24 [R] Shiny css적용하기 Shiny를 이용해서 페이지를 만들다 보면 아쉬운 상황이 발생합니다. 예를 들어 TextInput에서 label과 value의 간격이 너무 벌어져있는 등 많은 점이 있습니다. 이때에는 주로 css를 추가해서 변경해주면 됩니다. 처음 저는 R,python 만 찔끔 할줄 알아서 어찌해야하는지 찾아보던 찰나!! CSS를 써봐야한다는 말을 들어서 호다닥 찾아 보았습니다. css의 경우 tags$style이라는 것을 이용하여 추가하면 되고, div()를 통해서 적용될 Text를 적어주시면 됩니다! 다음과 같은 예시를 보여드립니다. library(shiny) library(shinydashboard) ui 2020. 10. 13. [R][shiny] Shiny에서 사용가능한 html들! Shiny에서 사용가능 한 Html 친구들을 모아보았습니다. first paragraph second paragraph h1 test h2 test h3 test h4 test h5 test h6 test Go Home Span Test python test pre test pre1234 Strong test b test Homo sapiens 위와 같이 코드를 짜면 다음과 같이 결과가 나옵니다. 잘 보시고 참고하시면 됩니다. Shiny에서 진행하기 위해서는 다음과 같이 진행해주시면 됩니다. library(shiny) library(shinydashboard) ui 2020. 10. 12. [R][shiny] Shiny app 집에서 돌려보세! 우분투에서 Shiny app을 돌려봅시다!! 가장먼저 해야할 일은 shiny rstudio 설치! Step 1. rstudio 설치! sudo apt install gdebi-core wget https://download2.rstudio.org/rstudio-server-1.0.44-amd64.deb sudo gdebi rstudio-server-1.0.44-amd64.deb localhost:8787 을 하면 Rstudio server로 들어갈수 있습니다.! # port forward를 통해서 외부에서도 접속이 가능하게 할 수 있습니다.! Step 2. shiny server 설치! wget https://download3.rstudio.org/ubuntu-12.04/x86_64/shiny-serve.. 2020. 10. 9. [R] RMysql Package 속도 최적화 방법 최근 shiny공부를 하다가 보니 Mysql 과 같은 DB를 사용하는 것에 대한 중요성을 느끼게 되었습니다. 왜냐하면 shiny와 같은 경우 페이지 작동마다 가벼운 동작을 해야하는데, read.table같은 기능을 이용할 경우 데이터가 커질수록 느려질수 밖에 없기 때문입니다. 그렇기 때문에 Mysql db를 이용하면 필요할 때만 빠르게 읽고, 쓰기가 가능해지게 됩니다. 그러나 Mysql db를 RMysql package를 이용하여 배우게 되면, 속도에 대한 최적화를 하기가 힘들수 있습니다. 그래서 이번 포스팅은 Mysql db의 속도를 최적화하는 방법에 대해서 이야기해보도록 하겠습니다. 먼저 RMysql을 이용하기 위해서는 Mysql에 접근을 해야하는데, 이때 사용하는 package는 DBI라는 pack.. 2020. 10. 6. [R] KEGGREST package KEGG는 일본에서 만든 pathway관련 데이터 베이스입니다. www.genome.jp/kegg/ KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes www.genome.jp 위 사이트를 가시게 되면 연구되고 있고, 알려져 있는 대부분의 pathway를 잘 정리를 해놓았습니다. pathway에 대해 모르시는 분들도 있을 것 같아. 간단하게 설명을 하면 생물체는 공장이라고 생각하시면 됩니다. 어떤 공장이든 특정 부분을 담당하는 기계 혹은 사람들이 있습니다. 그들 자체를 pathway라고 생각하시면 됩니다. 반복되는 일을 특정 사람, 기계가 하는 것이죠. 그리고 일이 시작되는 앞 혹은 뒤에서 일을 멈추거나 밀리게 되면, 알아서 쉬거나 혹은 다른 일을 찾는 일까지 가능하죠. 이.. 2020. 10. 6. [R] 변이 위치 표시해보기! 아주 오랜만에 포스팅을 하네요 ㅎㅎ 샤이니 공부하면서 새로 배운 것들 정리하러 왔습니다. GWAS를 분석할때나 혹은 변이를 분석하고 논문을 낼 때 참고용 그림으로서 변이의 위치가 유전자 어디에 있는지에 대한 그림을 넣는 경우가 있습니다. 예전 GWAS분석 후 논문 제출 때에도 비슷한 그림을 그려서 낸적이 있기 때문에 약간의 필요성이 있을 것이라 생각하고 포스팅합니다. 물론!! R package에서 더 이쁘게 그려주는 tool이 있을 수 있지만 좀더 커스텀이 가능한게 장점이죠 ㅎㅎ Lolipop plot R 기본 plot으로도 변이 그래프를 그릴 수가 있습니다. 먼저 유전자들 전체의 시작과 끝들을 알아야 합니다. 이러한 정보들은 UCSC table browser를 통해 얻을 수 있습니다. 예시로 다음과 같.. 2020. 9. 14. 이전 1 2 3 4 다음
