분류 전체보기206 [우분투] Screen에서 Attached된 screen 열기 screen을 쓰다보면 꼬이게 되어서 못들어가게 되는 경우가 있습니다. screen -r을 눌러보면 상태에 attached라고 뜨고 들어가지지가 않죠.. Attach to an already attached screen 이때의 해결방법을 설명 드리겠습니다. 아래 두가지중 하나만 사용하셔도 Attached된 screen을 확인할 수가 있습니다. screen -rd screen_name screen -x screen_name 2022. 5. 26. [python, rosalind] Overlab Graphs Rosalind를 풀면서 항상 실수를 연발하게 됩니다. 휴우.. 최근들어 다시 Rosalind를 풀기 시작했는데, 멘델의 법칙문제와 이번 포스팅의 주제인 Overlab Graphs를 아주 고전하면서 풀었습니다. 먼저 이야기하지만, Rosalind를 풀때는 꼭 깊게 생각하시고, 생각을 다양하게 해보시기 바랍니다. 예를들어 FASTA파일을 읽을 때, >이후로 1줄만 읽게 한다던가................ 한 6번 틀린것 같습니다. 이것 때문에.. 제 알고리즘은 맞았습니다. 물론.. 코드가 더럽긴하지만요. 그런데 파스타파일의 특정을 잃어버리고 있었더라구요. 아무튼 진행해보도록 하겠습니다. 설명은 다음과 같습니다. 1. A Brief Introduction to Graph Thery 네트워크는 어디에서든 있.. 2022. 5. 24. [seurat] single cell 분석 시에 umap이 다르게 나오는 경우. single cell 분석시에 가장 흔하게 사용되는 분석 도구가 R에 Seurat package입니다. 최근 분석을 하면서 Umap의 결과가 달라질 수 있다는 말을 들었습니다(tsne의 경우 매 분석마다 다르기 때문에 rds로 저장을 해주셔야 합니다.) 이 부분에 대해서 찾아보니 OS별로 혹은 컴퓨터 별로 발생이 될수가 있다고 이야기하고 있습니다(random seed를 고정해도 문제가 발생됩니다.). 분석할때 참고하시면 좋을 것 같습니다. https://stackoverflow.com/questions/67101829/seurat-umap-visualization-result-is-mirrored-after-running-in-two-identical-envi Seurat UMAP visualizatio.. 2022. 5. 23. [딥러닝공부] Model의 기본 - pytorch 저번 포스팅에 이어서 pytorch에서는 model을 어떻게 제작을 하는지 공유드리고자 합니다. 포스팅 내용이 괜찮았다면 주변 광고 클릭 몇번 눌러주시면 감사하겠습니다. pytorch는 tensorflow와 같이 python에서 Deep learning할때 필수적으로 사용되는 양대산맥이라고 할 수가 있습니다. 뭐 들리는 소문으로는 Tensorflow보다는 Pytorch가 좀 더 최근 트렌드에서 선호된다는 말을 들었던것 같습니다(그러나 모델 제작 정보는 tensorflow가 아직까지는 더 많은 것 같습니다.). pytorch의 경우 기본적인 model의 틀이 tensorflow의 GradientTape를 사용하는 방법과 유사하다고 생각될 수 있습니다(GradientTape와 같이 loss들을 업데이트 해주.. 2022. 5. 17. [딥러닝공부] 모델의 기본 - tensorflow 내용 정리에 앞서서 내용이 괜찮으시다면 광고 클릭부탁드립니다~! 내용정리에 사용할 모델은 딥러닝에서 가장 기초적인 데이터인 Mnist 데이터를 사용한 모델을 기반으로 만들었습니다. 그렇기 때문에 기본적인 옵션을 import및 다운을 시켜주도록 하겠습니다. import numpy as np import tensorflow as tf import matplotlib.pyplot as plt mnist=keras.datasets.mnist (x_train,y_train), (x_test,y_test) = mnist.load_data() x_train,x_test = x_train/255. , x_test/255. tensorflow - keras에서 모델을 만드는 뼈대는 다양하게 있습니다. 그중에가 keras.. 2022. 5. 16. [R] ssgsea 의 scoring방법을 실습을 통해 이해해 보기 1. ssgsea 간단 설명 ssgsea는 single sample gene set enrichment analysis 의 약자입니다. GSEA 라는 분석의 경우 두 그룹간의 발현값들을 비교하여 결과를 내는 방식인 반면(GSEA 계산하는 방법도 추후에 알아보고 올리도록 하겠습니다.) ssgsea의 경우 각 샘플 내에서 원하는 Gene set이 얼만큼 발현이 되었는지에 대해서 확인할 수가 있습니다. 계산을 어떻게 하는지 궁금해서 찾아봤는데, ssgsea의 경우 다음 연구에서 처음 사용이 되었습니다. https://www.nature.com/articles/nature08460#online-methods 2. ssgsea의 계산 방법 위에 그림에나오는 부분이 ssgsea의 식입니다. 저도 수학 전공이 아니다.. 2022. 4. 11. 이전 1 ··· 5 6 7 8 9 10 11 ··· 35 다음
