분류 전체보기206 [주식] SoFi, QSi에 대한 생각 최근 내가 보유한 주식중 대부분이 나락에 떨어졌습니다. 그 이유로는 가치주에 너무 많이 투자를 했기 때문입니다. 이 포스팅은 나락이간 주식들이 그래도 가능성이 있다. 라는 것에 대한 증거로서 내용을 정리하고자 하였습니다. 소파이 (SoFi) : 몇 일전 소파이에 대한 기업 설명을 유튜브로 보았습니다. (미국주식에 미치다 TV에서 월가 워즈 이스타님이 이야기해주시는 소파이 내용) 핀테크 중에 유일하게 들고 있는 주식이기도 한데, 사람들은 뭐 엘리트 집단에게 돈을 빌려주고 나중에 갚게 함으로써 회원 멤버(신용도 높은)를 모집하는 장점과 원클릭 금융 플랫폼이 장점이라고 알려져있습니다. 그러나 위 유튜브 내용을 보면서 생각이 바뀌었고, 투자는 헛되지 않을 것 같다. 라는 확신을 얻게 되는 계기가 되었습니다. S.. 2021. 12. 13. [pytorch 설정] pytorch gpu 설정하는 방법 최근들어 Deep learning 관련 연구를 진행하게 되었습니다. deep learning을 진행하기 위해서는 R 보다는 python에서 실행하는것이 더 효율적입니다. (더 빠르고 정보가 많습니다.) 예전에 깔짝되던 Tensorflow, pytorch 중에 고민을 하다가 pytorch로 분석을 시작하게 되었고, pytorch중에서 GPU를 사용하는 방법에 대해서 설명하겠습니다. 먼저 cuda설정이 되어있는지 확인하려면 다음과 같이 python 코드를 짜면 됩니다. import torch print(torch.cuda.is_available()) # False = cpu # True = gpu 사용가능 cuda가 설정이 안되어 있으면 아래 쭈욱 읽어보시면 됩니다. 스펙은 다음과 같습니다. (그냥 컴퓨존에.. 2021. 12. 3. [MS,protein] 단백질양 imputation 방법소개 1. 서론 단백질은 표현형에 직접적인 관여를 하기 때문에 중요합니다. 그러나 단백질을 정확하게 측정하기 위해서는 많은 요인들 때문에 힘듬니다. 예를 들어 post translational modification (전사후 수정과정)으로 인해서 단백질들이 변화 할수도 있고, 단백질의 특성상 반감기가 짧은 단백질이라던지 등 많은 요인들이 있습니다. 위 같은 요인은 둘째치더라도 조직들의 단백질 양을 이용한 분석을 통해 질병군과 대조군 사이 마커를 찾는다던지 Differential Expression Gene (DEG)가 실제로 단백질양에서도 변화를 일으키는지 등을 보기 위한 연구가 많이 이루어지고 있습니다. 뭐 단순하게 발현이 됬다 안됬다를 보기 위해서는 western blot을 이용하면 되지만 RNA 양을 비.. 2021. 12. 2. [R] scRepertoire에서 오류 해결 방법 scRepertoire라는 single cell 분석 툴이 있습니다. 여기서 conbineTCR이라는 기능이 있는데 가끔 버전마다 에러가 생기는 경우가 발생합니다. 예를들어 다음과 같은 에러가 뜨는 경우가 있습니다. Error in `$ 2021. 11. 12. [유전체] samtools, bedtools 이용해서 특정 부분 mapping된 fastq만들기 우선 먼저 mapping된 read만을 가져오기 위해서 아래 포스팅을 참조하세요~! https://mopipe.tistory.com/150 [유전체] samtools이용해서 mapped read만 가져오기 가장 먼저 fastq에서 alignment를 시켜줍니다. (bowtie2, bwa 등 이용해서 알아서) 그리고 sam file을 bam file로 변경시킴 (반대로 bam파일을 sam파일로 변경가능) # sam to bam samtools view -Sb [input.sam] >.. mopipe.tistory.com Target region은 chr6번을 이용하여 분석을 해보겠습니다. bwa-0.7.17 mem chr6.fa.gz SRR794684_R1.fastq.gz SRR794684_R2.fastq.. 2021. 10. 26. [R] bool로 받기 (na인지 아닌지, 대소문자인지 아닌지 확인) for문을 돌리다 보면 if문을 써야 할 때가 있고 다양하게 조건을 걸어야하는 경우가 생깁니다. 조건을 숫자로 이용할때도 있고, 혹은 NA인지, Null인지 아닌지를 확인하는 경우도 생깁니다. 그러는 경우는 is.(조건)만으로 대부분 확인이 가능합니다. is.array(x) is.numeric(x) is.character(x) is.factor(x) is.finite(x) is.interger(x) is.list(x) is.matrix(x) is.null(x) is.na(x) etc... is.상태 를 이용하면 bool로 받을 수가 있다. 최근에 UCSC에서 유전자 sequence 를 얻어서 분석하게 되었는데, 여기서 필요한 것이 대문자이냐? 소문자이냐? 라는 것을 알아야 했습니다. (UCSC에서는 Ex.. 2021. 10. 19. 이전 1 ··· 8 9 10 11 12 13 14 ··· 35 다음
