본문 바로가기

분류 전체보기206

[DB소개] Cancer Cell Line Encyclopedia (CCLE) Cell line이란 간단하게 우리몸의 세포를 일부 떼어내어 조직을 길러낸 것을 말합니다. 이러한 Cell line을 만드는 이유는 어떠한 질병에 대해 연구를 할때 사람을 대상으로 연구가 이루어 질때 많은 어려움들이 있습니다. 예를들어 세포에 자극을 주고 반응을 본다던지, 혹은 일정경과를 지낸 후에 세포가 어떻게 변화하는지에 대해서 알고싶은 경우가 있습니다. 이럴때 실제 사람으로 하게되면 윤리적으로 문제가 발생이 됩니다. 또한 어떠한 특이한 질병을 갖는 환자들에 대해서도 실제 실험을 하게되면 환자의 목숨을 위협할 수가 있고, 또한 소중한 연구데이터가 사라질 수도 있습니다. (사람 목숨을 연구재료로만 생각하는 뜻이 아닙니다.) 이러한 단점들을 해결하고자 연구자들은 환자들의 환부에 있는 세포를 떼어내어 배양.. 2021. 4. 5.
[GWAS] Genetic rick score (GRS) 구하기 오늘은 Genetic risk score (GRS)에 대한 이야기와 실습을 해보고자 합니다. GWAS 기본 분석은 정말 간단하게 이루어지는 연구입니다. 단지 Case, Control간에 chi-test를 이용하여 변이들의 p-value를 확인하면 되는 부분이죠. 이렇게 반복 결과만 이용해서 논문을 내다 보니 출간 논문에는 특별한 것이 없어지고, 샘플수에 더 초점이 맞춰졌던 것 같습니다. (이것 이외에도 샘플수에 초점이 맞춰진 이유는 다양합니다. 통계적인 파워 때문일 수도 있고, 특정 소수에게만 적용되는 변이일수도 있기 때문에 샘플수는 GWAS분석에 있어서 중요합니다.) 그러다 사람들이 변이의 p-value를 확인하는 것 이외에 생각을 한 것이 실제 찾은 변이들의 효과를 평가하는 것이었습니다. "이러한 S.. 2021. 4. 2.
[DB소개] GDC, GDC legacy 데이터 베이스 간단 설명 TCGA는 의료 Bioinformatics를 할때 필수적으로 다뤄야 하는 데이터입니다. 예전에는 TCGA site만 따로 있었는데 요즘은 GDC로 변경해서 여러 데이터가 합쳐져 다루고 있습니다. (Game Developers Conference아님, Genomic Data Commons Data Portal입니다.) 미국에서 진행한 여러 빅 스터디들을 모아둔 곳이 GDC입니다. raw 데이터의 경우 병원장 승인을 받고 (연구계획서 제출도 해야됨) 허가가 나오면 들어가서 만질 수가 있고 일반적인 사람들이 만질 수 있는 데이터는 데이터 처리된 결과물을 이용할 수가 있습니다. GDC portal이외에도 GDC legacy도 있습니다. 여기는 옛날 데이터를 저장해놓은 데이터 베이스고 여기서 나중에 포스팅할 CC.. 2021. 4. 2.
[R] /usr/bin/ld: cannot find -lgfortran error 해결하기 우분투에서 R package를 설치하다가 가끔 짜증나는 에러가 있습니다. /usr/bin/ld: cannot find -lgfortran 이것저것 찾아 보았는데, 예를들어 다음과 같습니다. R development 를 다시 설치하라던지 sudo apt install r-base-dev R package를 다시 설치하라던지 sudo apt install r-cran-rcppeigen 다음과 같은 에러 발생시에는 /usr/bin/ld: cannot find -lgfortran /usr/bin/ld: cannot find -lquadmath 다음과 같이 link하라던지 sudo ln -s /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgfortran.so.3 /usr/lib/libgfortran.so s.. 2021. 3. 30.
앞으로 구매해야할 주식 리스트 (스토리텔링) 우리나라 재벌그룹들의 시작은 의식주 부터 시작을 했습니다. 물론 시드머니가 있었지만, 그 시드머니를 정말 유용하게 썻다는 것이죠. 우리도 삼성그룹의 회장이 될 가능성은 정말 적지만, 우리가 얻을 수 있는 최대의 수익을 굴려서 최소한 늙어서도 굶지 않게 살수있도록 노력해야 합니다. 본론으로 들어와서 의식주는 다음과 같습니다. 의 : 옷 식 : 밥 주 : 집 이렇게 세개를 생각해보면 정말 우리 인간에게 꼭 필수,필요한 요소입니다. 그렇기 때문에 괜찮은 의식주 관련 주식은 적어도 망하지는 않겠죠. 1. 의 옷은 걸치지 않고 살아가기가 힘듬니다. 그렇기 때문에 옷은 필요로 하는 곳은 많습니다. 그만큼 옷 관련 회사들은 많습니다. 그렇기 때문에 저는 좀 더 특별한 명품에 초점을 들고 싶습니다. 왜냐하면, 일반적인.. 2021. 3. 24.
[약물] ECFP fingerprints 간단한 정리 약물의 fingerprint 중에 topological fingerprint는 약물의 유사도나 substructure 를 검색하기 위하여 개발이 되었습니다. 그중에서 많이 사용하는 방법중 하나가 바로 ECFP입니다. 약물의 유사도의 경우 설명을 하지 않아도 우리가 비슷한 약물이 비슷한 짓을 할것이다 라고 생각하기 때문에 유사성을 보려는 시도를 예전부터 많이 하였습니다. ECFP는 2010년에 Rogers, David, and Mathew Hahn. "Extended-connectivity fingerprints." Journal of chemical information and modeling 50.5 (2010): 742-754. 라는 논문에서 처음 나왔습니다. 논문에서 나온 ECFP 만드는 과정은 다.. 2021. 3. 24.

티스토리툴바