분류 전체보기206 [유전체] samtools 오류 해결! SEQ and QUAL are of different length samtools를 이용하여 bam 파일을 만들다 보면은 가끔 다음과 같은 에러가 발생할 수가 있습니다. # 실행 명령어 samtools view -Sb input.sam > output.bam # 뜨는 에러 [E::sam_parse1] SEQ and QUAL are of different length [W::sam_read1] Parse error at line 5387631 [main_samview] truncated file. 이럴때는 fastq에서 sam파일을 다시 돌려보시면 해결이 됩니다. 가끔 bwa를 돌릴 때 결과가 다 안 나오는 경우가 있습니다. (서버가 바쁘거나 혹은 가끔 이런일이 발생함) 2021. 8. 24. [대학원생활] 어떤 연구실이라도 연구원(대학원생)을 책임지는 곳은 없다. 제목과 마찬가지로 어디 대학으로 대학원 학생으로 가던지 혹은 연구원으로 가던지간에 PI는 학생 한명씩 연구원 한명씩 챙겨주지 않는다. 블로그를 좀더 기술적인 측면을 특화시키기 위해서 대학원 생활에 관한 이야기를 최대한 안하려고 합니다. 그러나 최근 같이 일하는 대학원생에 이야기를 듣고 충격을 먹어 이렇게 글을 씁니다. 같이 Bioinformatics 정보공유를 하는 사람과 연락을 주고 받던 중.. (그분은 박사과정 중..) 조금 흥미로운 이야기를 들었습니다. 몇일전 석사시절 담당했던 교수님을 찾아갔는데, 교수님과 이야기를 하고 예전에 연구를 했던 실험실로 가보니 연구실 사람들이 바글바글해 있더랍니다. 교수님이 자기 졸업하고 많이 번창하였나보다 하고 연구원들이랑 이야기해보니 대학 동기들이 함께 석사, 석박.. 2021. 8. 23. [jupyter] linux, windows, OS X 세팅! (외부접속 가능하게!) 기본적인 세팅은 다음 포스팅을 참조하시고 https://mopipe.tistory.com/97 [jupyter] 설치부터 외부접속 가능하게 설정 (Ubuntu, linux용) jupyter는 R에서 Rstudio와 같은 존재라고 할수가 있을 것 같습니다. 오늘은 ubuntu에서 간단한 jupyter의 설치부터 외부접속이 가능하게 세팅을 해보도록 하겠습니다. 윈도우의 경우에는 뒤에 외부접속 mopipe.tistory.com 여기서 Configuration file의 위치에 대해 간단하게 설명하고자 합니다. # configuration file이 없을경우 다음을 쳐주세요 jupyter notebook --generate-config 그리고 다음 경로에서 configuration을 확인할 수가 있습니다. Wi.. 2021. 8. 23. [R] msa package 설치 에러 해결! (gcc) msa package는 Multiple sequence Alignment를 해주는 R package입니다. https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/ Clustal Omega < Multiple Sequence Alignment < EMBL-EBI Clustal Omega is a new multiple sequence alignment program that uses seeded guide trees and HMM profile-profile techniques to generate alignments between three or more sequences. For the alignment of two sequences please instead use our pair.. 2021. 8. 23. [유전체] samtools이용해서 mapped read만 가져오기 가장 먼저 fastq에서 alignment를 시켜줍니다. (bowtie2, bwa 등 이용해서 알아서) 그리고 sam file을 bam file로 변경시킴 (반대로 bam파일을 sam파일로 변경가능) # sam to bam samtools view -Sb [input.sam] > [output.bam] # bam to sam samtools view input.bam > output.sam bam file에서 mapped read만 가져오기 위해서는 sam flags라는 것을 알아야 합니다. https://broadinstitute.github.io/picard/explain-flags.html Explain SAM Flags broadinstitute.github.io 위 사이트를 들어가시게 되면 다음.. 2021. 8. 17. [유전체]samtools sort 에러 발생시 해결 bowtie2 이용해서 분석하는 도중에 samtools로 sort를 진행을 하면 가끔 다음과 같은 오류가 발생할 경우가 있습니다. [E::bgzf_read] Read block operation failed with error 2 after 0 of 4 bytes samtools sort: truncated file. Aborting 왜 그럴까 생각하지말고, 처음부터 fastq부터 진행을 해주시면 대부분 해결이 되었습니다. 그리고 bowtie2나 bwa의 경우 대부분 mapping되는 위치가 비슷하기 때문에 bwa도 같이 돌려 보시면서 bam파일의 크기도 체크를 해보시는 것도 방법입니다. 저렇게 에러가 난 경우는 대부분 만들어지다 만 경우가 대부분입니다. 서버에서 여러 tool을 돌릴때 가끔 메모리 부족.. 2021. 8. 17. 이전 1 ··· 9 10 11 12 13 14 15 ··· 35 다음
