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[R] 쉽게 배우는 R programming 기초 (2) (data.frame, factor) 어제 글을 이어서 포스팅 해보도록 하겠습니다! 어제는 R vector, matrix를 배워 보았는데요. 오늘은 data.frame, list, array, factor에 대해서 이야기 해보도록 하겠습니다. 1. data frame 먼저 간단하게 data.frame을 만드는 방법을 소개하도록 하겠습니다. matrix는 data를 순서대로 넣는 반면, data frame은 vector들을 넣어서 자료를 만듭니다. 개수가 다른 벡터를 넣을 경우 에러가 뜹니다. data.frame의 기본 옵션들을 설명하자면, row.names = rowname 설정 stringAsFactors = 글자들은 Factor로 지정할까 말까? (True & False) Factor는 나중에 다시 설명하도록하겠습니다. 나머지는 저도 잘.. 2020. 6. 23.
[R] 쉽게 배우는 R programming 기초 (1) (vector, matric) R에서 기본적인 것들을 배워 보도록 하겠습니다. 항상 프로그래밍 하면서 느낀것이지만, 기본이 중요하다고 생각합니다. !! 기초를 잘 알면 어떤 알고리즘이라도 만들 수가 있다고 생각합니다. 1. R vector a 2020. 6. 22.
[GWAS] plink에 유용한 기능 (3) (filter-case,controls,males, etc) plink에 그냥 있는 기능 몇 개 소개하겠습니다. (아침이라 간단하게!) plink --bfile pre-filename --filter-cases --make-bed --out case_only plink --bfile pre-filename --filter-controls --make-bed --out control_only plink --bfile pre-filename --filter-males --make-bed --out male_only plink --bfile pre-filename --filter-females --make-bed --out female_only plink --bfile pre-filename --filter-founders --make-bed --out founder_.. 2020. 6. 22.
대학원 생활 팁! 공부를 하러왔지만, 꼭 공부만 하지 않아도 된다 라는 생각을 많이듭니다. 저번 포스팅에서도 말했지만, 학연, 지연, 혈연이 없는 이상 이 과학 분야에서 살아남으려면 한가지. 똑똑한 머리가 필요하다고 봅니다. 과제를 잘쓴다던지, 영어를 잘써서 논문을 맛깔나게 쓴다던지, 정말 창의적으로 연구방법을 개발한다던지 등과 같은 일을 못할것같으면 과감히 다른일도 병행해서 하는 것을 추천드립니다. 대학원생활에서 많은 연구원분들을 만나보았지만, 정말로 멋있게 보았던 사람들을 꼽자면, 1. 연구실에 있는 실험을 모두 마스터 하는 친구 (졸업 후 교수님 회사 취직) (지금 다니는 대학원 연구실이 규모가 있는 연구실이라서 실험할 수 있는게 많습니다.) 이 친구의 경우 교수님 회사의 서류작업 (GMP같은 필요한 서류작업)까지 .. 2020. 6. 21.
[GWAS] GWAS Quality Control (QC) GWAS를 진행함에 있어서 가장 중요한 것은 크기를 줄이는 것과 정확한 변이를 분석하는 것입니다. 1 . 대부분의 GWAS는 수백만개의 변이에서부터 수십개정도의 변이를 이용하여 분석함. 2. 분석할 때 population크기가 적당한 크기가 되어야함 (Statistics power를 확인해보시면됩니다.) 3. 그냥 바로 분석하기에는 1종오류, 2종오류가 많음. plink에는 여러 QC 방법들이 있음. 1. --hwe [pvalue] (hardy-Weinberg equilibrium) QC 설명이 늦었던 이유가 이 하디 법칙을 찾아보느라 늦었습니다. (pvalue구하는 것까지 구해보려했으나, plink pvalue같이는 못만들겠네요. 아시는분 저좀 알려주세요~~) 하디 법칙의 pvalue로 variants.. 2020. 6. 19.
오우 오늘 카카오애드핏 성공! 오늘 카카오 애드핏 승인이 났네요.. 하루 얼마 오시지도 않는데 어찌어찌 붙었네요 ㅎㅎ 광고붙이고 이제 슬슬 열심해 해봐야겠습니다. ㅎㅎ 카카오애드핏은 게시글 약 20개정도면 승인 나는것같네요 ㅎㅎ 더 열심히 좋은주제로 써보겠습니다! 2020. 6. 18.

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